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2017 | OriginalPaper | Buchkapitel

2DIs: A SBML Compliant Web Platform for the Design and Modeling of Immune System Interactions

verfasst von : Marzio Pennisi, Giulia Russo, Giuseppe Sgroi, Giuseppe Parasiliti, Francesco Pappalardo

Erschienen in: Intelligent Computing Theories and Application

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

We present 2DIs, a web platform that allows the easy design of extracellular models of the immune system function, including the possibility to describe the most important immune system entities and interactions and to produce a validated SBML file of the model. 2DIs permits immunologists to directly describe and share their knowledge with other colleagues and, more importantly, with modelers that can therefore obtain an SBML-compliant modelling template of the immunological process that can be used to develop the computational model. This could introduce a novel way of communicating among immunologists and modelers, reducing the risk of errors and misinterpretations.

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Literatur
1.
Hucka, M., Finney, A., Sauro, H.M., Bolouri, J.H., Doyle, C., Kitano, H., Arkin, A.P., Bornstein, B.J., Bray, D., Cornish-Bowden, A.: The systems biology markup language (SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models. Bioinformatics 19(4), 524–531 (2003)CrossRef
2.
Hoops, S., Sahle, S., Gauges, R., Lee, C., Pahle, J., Simus, N.: COPASI—a COmplex PAthway Simulator. Bioinformatics 22, 3067–3074 (2006)CrossRef
3.
Funahashi, A., Morohashi, M., Kitano, H., Tanimura, N.: CellDesigner: a process diagram editor for gene-regulatory and biochemical networks. Biosilico 1(5), 159–162 (2003)CrossRef
4.
Köhler, J., Baumbach, J., Taubert, J., Specht, M., Skusa, A., Rüegg, A., Rawlings, C., Verrier, P., Philippi, S.: Graph-based analysis and visualization of experimental results with ONDEX. Bioinformatics 22, 1383–1390 (2006)CrossRef
5.
Shannon, P., Markiel, A., Ozier, O., Baliga, N.S., Wang, J.T., Ramage, D., Amin, N., Schwikowski, B., Ideker, T.: Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks. Genome Res. 13, 2498–2504 (2003)CrossRef
6.
Rojas, I., Golebiewski, M., Kania, R., Krebs, O., Mir, S., Weidemann, A., Wittig, U.: Storing and annotating of kinetic data. In Silico Biol. 7, 37–44 (2007)
7.
Pappalardo, F., Forero, I.M., Pennisi, M., Palazon, A., Melero, I., Motta, S.: SimB16: modeling induced immune system response against B16-melanoma. PLoS ONE 6(10), e26523 (2011)CrossRef
8.
Pennisi, M.: A mathematical model of immune system-melanoma competition. Comput. Math. Methods Med., Article ID 850754, 13 p. (2012)
9.
Heiner, M., Herajy, M., Liu, F., Rohr, C., Schwarick, M.: Snoopy – a unifying Petri Net tool. In: Haddad, S., Pomello, L. (eds.) PETRI NETS 2012. LNCS, vol. 7347, pp. 398–407. Springer, Heidelberg (2012). doi:10.​1007/​978-3-642-31131-4_​22 CrossRef
10.
Pennisi, M., Cavalieri, S., Motta, S., Pappalardo, F.: A methodological approach for using High-Level Petri Nets to model the adaptive immune system response. BMC Bioinf. 17(Suppl 19), 498 (2016). doi:10.​1186/​s12859-016-1361-6 CrossRef
11.
Murata, T.: Petri Nets: properties, analysis and applications. Proc. IEEE 77(4), 541–580 (1989)CrossRef
12.
13.
Pappalardo, F., Fichera, E., Paparone, N., Lombardo, A., Pennisi, M., Russo, G., Leotta, M., Pappalardo, F., Pedretti, A., De Fiore, F., Motta, S.: A computational model to predict the immune system activation by citrus-derived vaccine adjuvants. Bioinformatics 32(17), 2672–2680 (2016)CrossRef
Metadaten
Titel
2DIs: A SBML Compliant Web Platform for the Design and Modeling of Immune System Interactions
verfasst von
Marzio Pennisi
Giulia Russo
Giuseppe Sgroi
Giuseppe Parasiliti
Francesco Pappalardo
Copyright-Jahr
2017
Buch
Intelligent Computing Theories and Application

Print ISBN: 978-3-319-63311-4

Electronic ISBN: 978-3-319-63312-1

Copyright-Jahr: 2017

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-319-63312-1_13