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2017 | OriginalPaper | Buchkapitel

A 1.4-Approximation Algorithm for Two-Sided Scaffold Filling

verfasst von : Jingjing Ma, Haitao Jiang, Daming Zhu, Shu Zhang

Erschienen in: Frontiers in Algorithmics

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

Scaffold Filling aims at getting what can be used as whole genomes from scaffolds by computation. Two-Sided Scaffold Filling is given by two scaffolds, asks respectively, to fill one scaffold with those genes in the other but the scaffold itself, so that the two new produced scaffolds have as many as possible common adjacencies. This problem has long been learnt to be NP-Hard and can be approximated to a constant performance ratio. In this paper, we devise an approximation algorithm which can achieve a performance ratio \(1.4 + \varepsilon \). This improves upon the so far best approximation algorithm proposed by Liu et al.

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Metadaten
Titel
A 1.4-Approximation Algorithm for Two-Sided Scaffold Filling
verfasst von
Jingjing Ma
Haitao Jiang
Daming Zhu
Shu Zhang
Copyright-Jahr
2017
Buch
Frontiers in Algorithmics

Print ISBN: 978-3-319-59604-4

Electronic ISBN: 978-3-319-59605-1

Copyright-Jahr: 2017

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-319-59605-1_18