Skip to main content
main-content

Tipp

Weitere Artikel dieser Ausgabe durch Wischen aufrufen

01.01.2015 | Data Original Article | Ausgabe 1/2015 Open Access

Neuroinformatics 1/2015

A Digital Atlas of Ion Channel Expression Patterns in the Two-Week-Old Rat Brain

Zeitschrift:
Neuroinformatics > Ausgabe 1/2015
Autoren:
Volodymyr Shcherbatyy, James Carson, Murat Yaylaoglu, Katharina Jäckle, Frauke Grabbe, Maren Brockmeyer, Halenur Yavuz, Gregor Eichele
Wichtige Hinweise

Electronic supplementary material

The online version of this article (doi:10.​1007/​s12021-014-9247-0) contains supplementary material, which is available to authorized users.

Abstract

The approximately 350 ion channels encoded by the mammalian genome are a main pillar of the nervous system. We have determined the expression pattern of 320 channels in the two-week-old (P14) rat brain by means of non-radioactive robotic in situ hybridization. Optimized methods were developed and implemented to generate stringently coronal brain sections. The use of standardized methods permits a direct comparison of expression patterns across the entire ion channel expression pattern data set and facilitates recognizing ion channel co-expression. All expression data are made publically available at the Genepaint.org database. Inwardly rectifying potassium channels (Kir, encoded by the Kcnj genes) regulate a broad spectrum of physiological processes. Kcnj channel expression patterns generated in the present study were fitted with a deformable subdivision mesh atlas produced for the P14 rat brain. This co-registration, when combined with numerical quantification of expression strengths, allowed for semi-quantitative automated annotation of expression patterns as well as comparisons among and between Kcnj subfamilies. The expression patterns of Kcnj channel were also cross validated against previously published expression patterns of Kcnj channel genes.

Unsere Produktempfehlungen

Springer Professional "Wirtschaft+Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft+Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 69.000 Bücher
  • über 500 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Umwelt
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Maschinenbau + Werkstoffe
  • Versicherung + Risiko

Testen Sie jetzt 30 Tage kostenlos.

Springer Professional "Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 50.000 Bücher
  • über 380 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Umwelt
  • Maschinenbau + Werkstoffe




Testen Sie jetzt 30 Tage kostenlos.

Springer Professional "Wirtschaft"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 58.000 Bücher
  • über 300 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Versicherung + Risiko




Testen Sie jetzt 30 Tage kostenlos.

Weitere Produktempfehlungen anzeigen
Zusatzmaterial
ESM 1 (PDF 360 kb)
12021_2014_9247_MOESM1_ESM.pdf
ESM 2 (PDF 4460 kb)
12021_2014_9247_MOESM2_ESM.pdf
Literatur
Über diesen Artikel

Weitere Artikel der Ausgabe 1/2015

Neuroinformatics 1/2015 Zur Ausgabe

Premium Partner

    Bildnachweise