Skip to main content

2019 | OriginalPaper | Buchkapitel

A Learning-Based Approach to Combine Medical Annotation Results

(Short Paper)

verfasst von : Victor Christen, Ying-Chi Lin, Anika Groß, Silvio Domingos Cardoso, Cédric Pruski, Marcos Da Silveira, Erhard Rahm

Erschienen in: Data Integration in the Life Sciences

Verlag: Springer International Publishing

Aktivieren Sie unsere intelligente Suche, um passende Fachinhalte oder Patente zu finden.

search-config
loading …

Abstract

There exist many tools to annotate mentions of medical entities in documents with concepts from biomedical ontologies. To improve the overall quality of the annotation process, we propose the use of machine learning to combine the results of different annotation tools. We comparatively evaluate the results of the machine-learning based approach with the results of the single tools and a simpler set-based result combination.

Sie haben noch keine Lizenz? Dann Informieren Sie sich jetzt über unsere Produkte:

Springer Professional "Wirtschaft+Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft+Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 102.000 Bücher
  • über 537 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Nachhaltigkeit
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Maschinenbau + Werkstoffe
  • Versicherung + Risiko

Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Springer Professional "Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 67.000 Bücher
  • über 390 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Nachhaltigkeit
  • Maschinenbau + Werkstoffe




 

Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Springer Professional "Wirtschaft"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 67.000 Bücher
  • über 340 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Versicherung + Risiko




Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Literatur
2.
Zurück zum Zitat Abedi, V., Zand, R., Yeasin, M., Faisal, F.E.: An automated framework for hypotheses generation using literature. BioData Min. 5(1), 13 (2012)CrossRef Abedi, V., Zand, R., Yeasin, M., Faisal, F.E.: An automated framework for hypotheses generation using literature. BioData Min. 5(1), 13 (2012)CrossRef
3.
4.
Zurück zum Zitat Campos, D., Matos, S., Oliveira, J.: Current methodologies for biomedical named entity recognition. In: Biological Knowledge Discovery Handbook: Preprocessing, Mining, and Postprocessing of Biological Data, pp. 839–868 (2013)CrossRef Campos, D., Matos, S., Oliveira, J.: Current methodologies for biomedical named entity recognition. In: Biological Knowledge Discovery Handbook: Preprocessing, Mining, and Postprocessing of Biological Data, pp. 839–868 (2013)CrossRef
5.
Zurück zum Zitat Campos, D., et al.: Harmonization of gene/protein annotations: towards a gold standard MEDLINE. Bioinformatics 28(9), 1253–1261 (2012)CrossRef Campos, D., et al.: Harmonization of gene/protein annotations: towards a gold standard MEDLINE. Bioinformatics 28(9), 1253–1261 (2012)CrossRef
8.
Zurück zum Zitat Dai, M., et al.: An efficient solution for mapping free text to ontology terms. In: AMIA Summit on Translational Bioinformatics, vol. 21 (2008) Dai, M., et al.: An efficient solution for mapping free text to ontology terms. In: AMIA Summit on Translational Bioinformatics, vol. 21 (2008)
9.
Zurück zum Zitat Dugas, M., et al.: Portal of medical data models: information infrastructure for medical research and healthcare. Database: J. Biol. Databases Curation (2016) Dugas, M., et al.: Portal of medical data models: information infrastructure for medical research and healthcare. Database: J. Biol. Databases Curation (2016)
10.
Zurück zum Zitat Köpcke, H., Thor, A., Rahm, E.: Learning-based approaches for matching web data entities. IEEE Internet Comput. 14(4), 23–31 (2010)CrossRef Köpcke, H., Thor, A., Rahm, E.: Learning-based approaches for matching web data entities. IEEE Internet Comput. 14(4), 23–31 (2010)CrossRef
12.
Zurück zum Zitat Savova, G.K., et al.: Mayo clinical Text Analysis and Knowledge Extraction System (cTAKES): architecture, component evaluation and applications. JAMIA 17(5), 507–513 (2010) Savova, G.K., et al.: Mayo clinical Text Analysis and Knowledge Extraction System (cTAKES): architecture, component evaluation and applications. JAMIA 17(5), 507–513 (2010)
13.
Zurück zum Zitat Tanenblatt, M.A., Coden, A., Sominsky, I.L.: The ConceptMapper approach to named entity recognition. In: Proceedings of LREC, pp. 546–551 (2010) Tanenblatt, M.A., Coden, A., Sominsky, I.L.: The ConceptMapper approach to named entity recognition. In: Proceedings of LREC, pp. 546–551 (2010)
14.
Zurück zum Zitat Tseytlin, E., Mitchell, K., Legowski, E., Corrigan, J., Chavan, G., Jacobson, R.S.: NOBLE-Flexible concept recognition for large-scale biomedical natural language processing. BMC Bioinform. 17(1), 32 (2016)CrossRef Tseytlin, E., Mitchell, K., Legowski, E., Corrigan, J., Chavan, G., Jacobson, R.S.: NOBLE-Flexible concept recognition for large-scale biomedical natural language processing. BMC Bioinform. 17(1), 32 (2016)CrossRef
15.
Zurück zum Zitat Zou, Q., et al.: IndexFinder: a knowledge-based method for indexing clinical texts. In: Proceedings of AMIA Annual Symposium, pp. 763–767 (2003) Zou, Q., et al.: IndexFinder: a knowledge-based method for indexing clinical texts. In: Proceedings of AMIA Annual Symposium, pp. 763–767 (2003)
Metadaten
Titel
A Learning-Based Approach to Combine Medical Annotation Results
verfasst von
Victor Christen
Ying-Chi Lin
Anika Groß
Silvio Domingos Cardoso
Cédric Pruski
Marcos Da Silveira
Erhard Rahm
Copyright-Jahr
2019
DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-030-06016-9_13