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Erschienen in:

2018 | OriginalPaper | Buchkapitel

Accurate 3D Reconstruction of a Whole Pancreatic Cancer Tumor from Pathology Images with Different Stains

verfasst von : Mauricio Kugler, Yushi Goto, Naoki Kawamura, Hirokazu Kobayashi, Tatsuya Yokota, Chika Iwamoto, Kenoki Ohuchida, Makoto Hashizume, Hidekata Hontani

Erschienen in: Computational Pathology and Ophthalmic Medical Image Analysis

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

When applied to 3D image reconstruction, conventional landmark-based registration methods tend to generate unnatural vertical structures due to inconsistencies between the employed model and the real tissue. This paper demonstrates a fully non-rigid image registration method for 3D image reconstruction which considers the spatial continuity and smoothness of each constituent part of the microstructures in the tissue. Corresponding landmarks are detected along the images, defining a set of trajectories, which are smoothed out in order to define a diffeomorphic mapping. The resulting reconstructed 3D image preserves the original tissue architecture, allowing the observation of fine details and structures.

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Beg, M.F., Miller, M.I., Trouvé, A., Younes, L.: Computing large deformation metric mappings via geodesic flows of diffeomorphisms. Int. J. Comput. Vis. 61(2), 139–157 (2005)CrossRef

Beg, M.F., Miller, M., Trouvé, A., Younes, L.: The euler-lagrange equation for interpolating sequence of landmark datasets. In: Ellis, R.E., Peters, T.M. (eds.) MICCAI 2003. LNCS, vol. 2879, pp. 918–925. Springer, Heidelberg (2003). https://doi.org/10.1007/978-3-540-39903-2_112CrossRef

Cifor, A., Bai, L., Pitiot, A.: Smoothness-guided 3-D reconstruction of 2-D histological images. NeuroImage 56(1), 197–211 (2011)CrossRef

Dauguet, J., et al.: Three-dimensional reconstruction of stained histological slices and 3D non-linear registration with in-vivo MRI for whole baboon brain. J. Neurosci. Methods 164(1), 191–204 (2007)CrossRef

Gaffling, S., Daum, V., Hornegger, J.: Landmark-constrained 3-D histological imaging: a morphology-preserving approach. In: Vision, Modeling, and Visualization, pp. 309–316 (2011)

Gurcan, M.N., Boucheron, L.E., Can, A., Madabhushi, A., Rajpoot, N.M., Yener, B.: Histopathological image analysis: a review. IEEE Rev. Biomed. Eng. 2, 147–171 (2009)CrossRef

Ourselin, S., Roche, A., Subsol, G., Pennec, X., Ayache, N.: Reconstructing a 3D structure from serial histological sections. Image Vis. Comput. 19(1), 25–31 (2001)CrossRef

Pichat, J., Iglesias, J.E., Yousry, T., Ourselin, S., Modat, M.: A survey of methods for 3D histology reconstruction. Med. Image Anal. 46, 73–105 (2018)CrossRef

Rueckert, D., Aljabar, P., Heckemann, R.A., Hajnal, J.V., Hammers, A.: Diffeomorphic registration using B-splines. In: Larsen, R., Nielsen, M., Sporring, J. (eds.) MICCAI 2006. LNCS, vol. 4191, pp. 702–709. Springer, Heidelberg (2006). https://doi.org/10.1007/11866763_86CrossRef

10.

Saalfeld, S., Cardona, A., Hartenstein, V., Tomančák, P.: As-rigid-as-possible mosaicking and serial section registration of large ssTEM datasets. Bioinformatics 26(12), i57–i63 (2010)CrossRef

11.

Sotiras, A., Davatzikos, C., Paragios, N.: Deformable medical image registration: a survey. IEEE Trans. Med. Imaging 32(7), 1153–1190 (2013)CrossRef

12.

Westphalen, C.B., Olive, K.P.: Genetically engineered mouse models of pancreatic cancer. Cancer J. 18(6), 502–510 (2012)CrossRef

13.

Yin, Z., Collins, R.: Moving object localization in thermal imagery by forward-backward MHI. In: Proceedings of the Computer Vision and Pattern Recognition Workshop, pp. 133–133. IEEE (2006)

Titel: Accurate 3D Reconstruction of a Whole Pancreatic Cancer Tumor from Pathology Images with Different Stains
verfasst von: Mauricio Kugler
Yushi Goto
Naoki Kawamura
Hirokazu Kobayashi
Tatsuya Yokota
Chika Iwamoto
Kenoki Ohuchida
Makoto Hashizume
Hidekata Hontani
Verlag: Springer International Publishing
Buch: Computational Pathology and Ophthalmic Medical Image Analysis
Print ISBN: 978-3-030-00948-9

Electronic ISBN: 978-3-030-00949-6

Copyright-Jahr: 2018
DOI: https://doi.org/10.1007/978-3-030-00949-6_5

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