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2015 | OriginalPaper | Buchkapitel

Analysis of a Post-translational Oscillator Using Process Algebra and Spatio-Temporal Logic

verfasst von : Christopher J. Banks, Daniel D. Seaton, Ian Stark

Erschienen in: Computational Methods in Systems Biology

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

We describe the modelling of a post-translational oscillator using a process algebra and the specification of complex properties of its dynamics using a spatio-temporal logic. We show that specifications in the Logic of Behaviour in Context can be seen as hypotheses about oscillations and other biochemical behaviours, to be tested automatically by model-checking software. By using these techniques we show that the theoretical model behaves in a manner in keeping with known properties of biological circadian oscillators.

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Fußnoten
1
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Literatur
1.
Abraham, U., Granada, A.E., Westermark, P.O., Heine, M., Kramer, A., Herzel, H.: Coupling governs entrainment range of circadian clocks. Mol. Syst. Biol. 6, 1 (2010)CrossRef
2.
Ballarini, P., Guerriero, M.L.: Query-based verification of qualitative trends and oscillations in biochemical systems. Theor. Comput. Sci. 411(20), 2019–2036 (2010)MathSciNetCrossRefMATH
3.
Ballarini, P., Mardare, R., Mura, I.: Analysing biochemical oscillation through probabilistic model checking. Electron. Notes Theor. Comput. Sci. 229(1), 3–19 (2009)MathSciNetCrossRef
4.
5.
Calzone, L., Chabrier-Rivier, N., Fages, F., Soliman, S.: Machine learning biochemical networks from temporal logic properties. In: Priami, C., Plotkin, G. (eds.) Transactions on Computational Systems Biology VI. LNCS (LNBI), vol. 4220, pp. 68–94. Springer, Heidelberg (2006) CrossRef
6.
Chickarmane, V., Kholodenko, B.N., Sauro, H.M.: Oscillatory dynamics arising from competitive inhibition and multisite phosphorylation. J. Theor. Biol. 244(1), 68–76 (2007)MathSciNetCrossRef
7.
Dluhoš, P., Brim, L., Šafránek, D.: On expressing and monitoring oscillatory dynamics. Electron. Proc. Theor. Comput. Sci. 92, 73–87 (2012)CrossRef
8.
Granada, A., Hennig, R.M., Ronacher, B., Kramer, A., Herzel, H.: Phase response curves elucidating the dynamics of coupled oscillators. Methods Enzymol. 454, 1–27 (2009)CrossRef
9.
Johnson, C.H., Mori, T., Xu, Y.: A cyanobacterial circadian clockwork. Curr. Biol. 18(17), R816–R825 (2008)CrossRef
10.
Jolley, C.C., Ode, K.L., Ueda, H.R.: A design principle for a posttranslational biochemical oscillator. Cell Rep. 2(4), 938–950 (2012)CrossRef
11.
Kwiatkowski, M.: A formal computational framework for the study of molecular evolution. Ph.D. thesis, University of Edinburgh (2010)
12.
Kwiatkowski, M., Stark, I.: The continuous \(\pi \)-calculus: a process algebra for biochemical modelling. In: Heiner, M., Uhrmacher, A.M. (eds.) CMSB 2008. LNCS (LNBI), vol. 5307, pp. 103–122. Springer, Heidelberg (2008) CrossRef
13.
Liu, P., Kevrekidis, I.G., Shvartsman, S.Y.: Substrate-dependent control of ERK phosphorylation can lead to oscillations. Biophys. J. 101(11), 2572–2581 (2011)CrossRef
14.
Nakajima, M., Imai, K., Ito, H., Nishiwaki, T., Murayama, Y., Iwasaki, H., Oyama, T., Kondo, T.: Reconstitution of circadian oscillation of cyanobacterial KaiC phosphorylation in vitro. Science 308(5720), 414–415 (2005)CrossRef
15.
O’Neill, J.S., van Ooijen, G., Dixon, L.E., Troein, C., Corellou, F., Bouget, F.-Y., Reddy, A.B., Millar, A.J.: Circadian rhythms persist without transcription in a eukaryote. Nature 469(7331), 554–558 (2011)CrossRef
16.
Seaton, D.D., Krishnan, J.: The coupling of pathways and processes through shared components. BMC Syst. Biol. 5(1), 103 (2011)CrossRef
17.
van Zon, J.S., Lubensky, D.K., Altena, P.R.H., ten Wolde, P.R.: An allosteric model of circadian KaiC phosphorylation. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 104(18), 7420–7425 (2007)CrossRef
Metadaten
Titel
Analysis of a Post-translational Oscillator Using Process Algebra and Spatio-Temporal Logic
verfasst von
Christopher J. Banks
Daniel D. Seaton
Ian Stark
Copyright-Jahr
2015
Buch
Computational Methods in Systems Biology

Print ISBN: 978-3-319-23400-7

Electronic ISBN: 978-3-319-23401-4

Copyright-Jahr: 2015

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-319-23401-4_19