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2018 | OriginalPaper | Buchkapitel

Chloroplast Genomes Exhibit Eight-Cluster Structuredness and Mirror Symmetry

verfasst von : Michael Sadovsky, Maria Senashova, Andrew Malyshev

Erschienen in: Bioinformatics and Biomedical Engineering

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

Chloroplast genomes have eight-cluster structuredness, in triplet frequency space. Small fragments of a genome converted into a triplet frequency dictionaries are the elements to be clustered. Typical structure consists of eight clusters: six of them correspond to three different positions of a reading frame shifted for 0, 1 and 2 nucleotides (in two opposing strands), the seventh cluster corresponds to a junk regions of a genome, and the eighth cluster is comprised by the fragments with excessive \(\mathsf {GC}\)-content bearing specific RNA genes. The structure exhibits a specific symmetry.

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Metadaten
Titel
Chloroplast Genomes Exhibit Eight-Cluster Structuredness and Mirror Symmetry
verfasst von
Michael Sadovsky
Maria Senashova
Andrew Malyshev
Copyright-Jahr
2018
Buch
Bioinformatics and Biomedical Engineering

Print ISBN: 978-3-319-78722-0

Electronic ISBN: 978-3-319-78723-7

Copyright-Jahr: 2018

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-319-78723-7_16