Skip to main content

2020 | OriginalPaper | Buchkapitel

Efficient and Accurate Inference of Microbial Trajectories from Longitudinal Count Data

verfasst von : Tyler A. Joseph, Amey P. Pasarkar, Itsik Pe’er

Erschienen in: Research in Computational Molecular Biology

Verlag: Springer International Publishing

Aktivieren Sie unsere intelligente Suche, um passende Fachinhalte oder Patente zu finden.

search-config
loading …

Abstract

The human body is home to trillions of microbial cells that play an essential role in health and disease [2]. The gut microbiome, for instance, is responsible for a variety of normal physiological processes such as the regulation of immune response and breakdown of xenobiotics [3]. Disturbances in gut communities have been associated with several diseases, notably obesity [7] and colitis [8]. Moreover, changes to the vaginal microbiome during pregnancy are associated with risk of preterm birth [4]. Consequently, investigating the human microbiome can provide insight into biological processes and the etiology of disease.

Sie haben noch keine Lizenz? Dann Informieren Sie sich jetzt über unsere Produkte:

Springer Professional "Wirtschaft+Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft+Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 102.000 Bücher
  • über 537 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Nachhaltigkeit
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Maschinenbau + Werkstoffe
  • Versicherung + Risiko

Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Springer Professional "Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 67.000 Bücher
  • über 390 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Nachhaltigkeit
  • Maschinenbau + Werkstoffe




 

Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Springer Professional "Wirtschaft"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 67.000 Bücher
  • über 340 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Versicherung + Risiko




Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Literatur
1.
Zurück zum Zitat Äijö, T., Müller, C.L., Bonneau, R.: Temporal probabilistic modeling of bacterial compositions derived from 16s rRNA sequencing. Bioinformatics 34(3), 372–380 (2017)CrossRef Äijö, T., Müller, C.L., Bonneau, R.: Temporal probabilistic modeling of bacterial compositions derived from 16s rRNA sequencing. Bioinformatics 34(3), 372–380 (2017)CrossRef
2.
Zurück zum Zitat Cho, I., Blaser, M.J.: The human microbiome: at the interface of health and disease. Nat. Rev. Genet. 13(4), 260 (2012)CrossRef Cho, I., Blaser, M.J.: The human microbiome: at the interface of health and disease. Nat. Rev. Genet. 13(4), 260 (2012)CrossRef
3.
Zurück zum Zitat Clemente, J.C., Ursell, L.K., Parfrey, L.W., Knight, R.: The impact of the gut microbiota on human health: an integrative view. Cell 148(6), 1258–1270 (2012)CrossRef Clemente, J.C., Ursell, L.K., Parfrey, L.W., Knight, R.: The impact of the gut microbiota on human health: an integrative view. Cell 148(6), 1258–1270 (2012)CrossRef
4.
Zurück zum Zitat DiGiulio, D.B., et al.: Temporal and spatial variation of the human microbiota during pregnancy. Proc. Natl. Acad. Sci. 112(35), 11060–11065 (2015)CrossRef DiGiulio, D.B., et al.: Temporal and spatial variation of the human microbiota during pregnancy. Proc. Natl. Acad. Sci. 112(35), 11060–11065 (2015)CrossRef
5.
Zurück zum Zitat Gloor, G.B., Macklaim, J.M., Pawlowsky-Glahn, V., Egozcue, J.J.: Microbiome datasets are compositional: and this is not optional. Front. Microbiol. 8, 2224 (2017)CrossRef Gloor, G.B., Macklaim, J.M., Pawlowsky-Glahn, V., Egozcue, J.J.: Microbiome datasets are compositional: and this is not optional. Front. Microbiol. 8, 2224 (2017)CrossRef
6.
Zurück zum Zitat Kuczynski, J., et al.: Experimental and analytical tools for studying the human microbiome. Nat. Rev. Genet. 13(1), 47 (2012)CrossRef Kuczynski, J., et al.: Experimental and analytical tools for studying the human microbiome. Nat. Rev. Genet. 13(1), 47 (2012)CrossRef
7.
Zurück zum Zitat Ley, R.E., Turnbaugh, P.J., Klein, S., Gordon, J.I.: Microbial ecology: human gut microbes associated with obesity. Nature 444(7122), 1022 (2006)CrossRef Ley, R.E., Turnbaugh, P.J., Klein, S., Gordon, J.I.: Microbial ecology: human gut microbes associated with obesity. Nature 444(7122), 1022 (2006)CrossRef
8.
Zurück zum Zitat Manichanh, C., et al.: Reduced diversity of faecal microbiota in crohn’s disease revealed by a metagenomic approach. Gut 55(2), 205–211 (2006)CrossRef Manichanh, C., et al.: Reduced diversity of faecal microbiota in crohn’s disease revealed by a metagenomic approach. Gut 55(2), 205–211 (2006)CrossRef
9.
Zurück zum Zitat Proctor, L.M., et al.: The integrative human microbiome project. Nature 569(7758), 641–648 (2019)CrossRef Proctor, L.M., et al.: The integrative human microbiome project. Nature 569(7758), 641–648 (2019)CrossRef
Metadaten
Titel
Efficient and Accurate Inference of Microbial Trajectories from Longitudinal Count Data
verfasst von
Tyler A. Joseph
Amey P. Pasarkar
Itsik Pe’er
Copyright-Jahr
2020
DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-030-45257-5_27