Die für den systemmedizinischen Ansatz charakteristische Aufbereitung, Zusammenführung und Interpretation großer Datenmengen aus vielfältigen Datensätzen erfordert die Kooperation von Ärzten und Naturwissenschaftlern. Es sind grundsätzlich zwei Formen der disziplinübergreifenden Zusammenarbeit denkbar: In einer ersten Konzeption findet eine arbeitsteilige Rollentrennung statt, der Forscher fungiert als Dienstleister für den Arzt, der wiederum als transnationaler, interdisziplinär kompetenter Mediziner gegenüber dem Patienten auftritt. Die zweite Konzeption ist demgegenüber durch eine weitgehende Aufhebung der klassischen Rollenmodelle charakterisiert; Forscher und Ärzte agieren hier als interdisziplinäres Team.
