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2013 | OriginalPaper | Chapter

Network Visualization Tools to Enhance Metabolic Engineering Platforms

Authors : Alberto Noronha, Paulo Vilaça, Miguel Rocha

Published in: 7th International Conference on Practical Applications of Computational Biology & Bioinformatics

Publisher: Springer International Publishing

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In this work, we present a software platform for the visualization of metabolic models, which is implemented as a plug-in for the open-source metabolic engineering (ME) platform OptFlux. The tools provided by this plug-in allow the visualization of the models (or parts of the models) combined with the results from operations applied over these models, mainly regarding phenotype simulation, strain optimization and pathway analysis. The tool provides a generic input/ output framework that can import/ export layouts from different formats used by other tools, namely XGMML and SBML. Thus, this work provides a bridge between network visualization and ME.

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Metadata
Title
Network Visualization Tools to Enhance Metabolic Engineering Platforms
Authors
Alberto Noronha
Paulo Vilaça
Miguel Rocha
Copyright Year
2013
Publisher
Springer International Publishing
DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-319-00578-2_18

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