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2017 | Book

Organisch-chemische Methoden

in Biochemie, Biologischer Chemie, Molekularbiologie und Medizinischer Chemie

Author: Daniel Krois

Publisher: Springer Berlin Heidelberg

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About this book

Das Buch erläutert synthetische und analytische Methoden der Organischen Chemie, die für Anwendung und Forschung in Biochemie, Molekularbiologie und Medizinischer Chemie eingesetzt werden. Es ist als Lehrbuch im Masterstudium der Chemie, aber auch biologischer und medizinisch-chemischer Fächer gedacht. Es eignet sich zudem wegen der umfangreichen Literaturzitate als Monographie für Anwender im Forschungslabor.

Table of Contents

Frontmatter
1. Kurze Wiederholung grundlegender Konzepte der Allgemeinen und Organischen Chemie
Zusammenfassung
In diesem Kapitel werden einige mir besonders wichtig erscheinende grundlegende Konzepte der Allgemeinen und Organischen Chemie wiederholt und betont. Das Grundwissen der Organischen Chemie wird jedoch vorausgesetzt – es sollen nur einige Akzente gesetzt werden. Die Konzepte der Säure-Basen-Eigenschaften, der nucleophilen und electrophilen Reaktivität, der Resonanz, der Tautomerie, der Aromatizität und die Begriffe „Konfiguration“ und „Konformation“ werden definiert und zusammengefasst.
Daniel Krois

Organisch-chemische Methoden, die allgemein in biologischen Fragestellungen Anwendung finden

Frontmatter
2. Chemische Eigenschaften der „Biomoleküle“ – eine Zusammenfassung
Zusammenfassung
Dieses Kapitel ist nur als Wiederholung und eventuell Ergänzung organisch-chemischen Grundwissens gedacht. Es werden die wichtigsten biologisch relevanten Verbindungsklassen in ihren wesentlichen Eigenschaften wiederholt und in Erinnerung gerufen. Im ersten Unterkapitel werden die proteinogenen Aminosäuren in Struktur und allgemeinen Eigenschaften behandelt sowie die Peptidbindung und ihre Bedeutung für Struktur und Eigenschaften der Proteine. Es folgt ein Abschnitt über die Kohlenhydrate mit dem „Stammbaum“ der Aldosen, der hemiacetalischen Form der Monosaccharide und der glyosidischen Bindung. Im nächsten Unterkapitel werden die Nucleinsäuren, also DNA und RNA, mit der Watson-Crick-Basenpaarung besprochen. Zum Schluss folgt noch eine kurze Auswahl aus dem Bereich der Lipide in der Natur.
Daniel Krois
3. Methoden zur Synthese und Analyse von Peptiden und Proteinen
Zusammenfassung
Dieses Kapitel behandelt die Methoden zur Synthese von Peptiden und gibt einen Überblick über analytische Verfahren zur Identifizierung und Charakterisierung von Peptiden und Proteinen, wobei der Schwerpunkt auf den chemischen Methoden – im Gegensatz zu den rein instrumentellen Methoden – liegt. Im synthetischen Teil werden die wichtigsten Schutzgruppen und die wichtigsten Typen von Kupplungsverfahren besprochen. Natürlich steht die Methode der Festphasensynthese im Mittelpunkt, aber es werden auch Kombinationen zur Synthese größerer Peptide oder kleiner Proteine erwähnt. Die Methoden zur Erstellung von sogenannten Peptidbibliotheken werden in einem eigenen Unterkapitel vorgestellt. Im analytischen Teil werden neben den gängigen instrumentellen Verfahren die Aminosäureanalyse und der Edman-Abbau behandelt, Methoden, die – wie durch neue Literaturstellen belegbar – auch heute noch von Bedeutung sind. Den Abschluss bildet ein Beispiel für die Kombination von Festphasensynthese und Edman-Abbau aus einer Arbeit aus dem Jahr 2006.
Daniel Krois
4. Oligosaccharide (Kohlenhydrate)
Zusammenfassung
Dieses Kapitel handelt von Synthese und Analytik der Oligosaccharide. Es wird zunächst die rein prinzipiell viel höhere Komplexität dieser Biopolymere besprochen. Dadurch kann auch im Rahmen dieses Buches die Methodik nicht in dem Maße wie bei der Peptidsynthese durchgearbeitet werden. Es sollen nur die wesentlichen Prinzipien angeführt werden. Die wichtigsten Schutzgruppen sowie die verschiedenen Methoden zur Herstellung der glycosidischen Bindung werden natürlich vorgestellt. Es wird auch die vielleicht noch nicht voll etablierte Festphasensynthese behandelt. Im analytischen Teil wird vor allem die chemische Methodik zur Verknüpfungsanalyse vorgestellt. Dem Thema Glycokonjugate ist ein eigenes Kapitel (Kap. 5) gewidmet.
Daniel Krois
5. Glycokonjugate, Glycoproteine
Zusammenfassung
Die Analytik und Synthese von Oligosacchariden ist heutzutage besonders im Zusammenhang mit Glycokonjugaten von Interesse. Man erkennt vermehrt, dass für viele wesentliche biologische Funktionen und auch für Erkrankungen gerade der Kohlenhydratanteil von Proteinen oder Lipiden von großer Bedeutung ist. Die aus natürlichen Quellen isolierten Materialien weisen aber zumeist Mikroheterogenitäten auf, da die Biosynthese von Kohlenhydraten ja nicht in dem Maße templatgesteuert ist, wie die Proteinbiosynthese. Deshalb wären homogene chemisch synthetisierte Glycokonjugate besonders wertvoll. In diesem Abschnitt wird diese Problematik an Beispielen vorgeführt. Einerseits werden die Glycopeptidolipide von Mycobakterien, andererseits die Typen von Glycoproteinen und deren Synthese, aber auch Biosynthese behandelt.
Daniel Krois
6. Oligonucleotide und Nucleinsäuren
Zusammenfassung
Dieses Kapitel befasst sich mit Methoden zur Sequenzierung von Nucleinsäuren, beginnend mit den bahnbrechenden Arbeiten von Maxam und Gilbert einerseits und Sanger andererseits. Es werden aber auch neue Methoden, die erst nach der Beendigung der Sequenzierung des menschlichen Genoms entwickelt wurden, besprochen. Im zweiten Teil wird die Oligonucleotidsynthese behandelt und zwar sowohl die Phosphoramidit- als auch die Hydrogenphosphonatmethode. Und letztlich werden verschiedene Ansätze zur Entwicklung modifizierter Nucleinsäuren diskutiert.
Daniel Krois
7. Methoden zur Herstellung von Konjugaten
Zusammenfassung
Es wird ein Überblick über die Anwendung verschiedenster organisch-chemischer Reaktionen zur Derivatisierung und Markierung von Biomolekülen gegeben. Derartige Methoden sind in der letzten Zeit immer wichtiger geworden, um Tests in Forschung und Diagnostik durchzuführen, aber auch, um gewisse Moleküle in der Zelle in vivo zu verfolgen. Allerdings müssen diese Reaktionen besondere Eigenschaften haben. Es werden in weiterer Folge auch einige konkrete Anwendungen genauer behandelt.
Daniel Krois

Ausgewählte Beispiele für die Anwendung organisch-chemischer Methoden in biologisch bedeutenden Fragestellungen

Frontmatter
8. Synthese von Lipopeptiden und Proteinkonjugaten zur Funktion des N-Ras-Proteins
Zusammenfassung
In diesem Kapitel werden drei Arbeiten aus der Arbeitsgruppe von Prof. Herbert Waldmann näher besprochen, die sich mit dem biologischen Thema „Ras-Protein“ beschäftigen. In den ersten beiden Publikationen werden Lipopeptide hergestellt, die dem C-Terminus dieses Proteins entsprechen, mit neu ausgearbeiteten Strategien zur Peptidsynthese dieser teilweise höchst labilen Verbindungen. Sie werden in geeigneter Weise mit Markierungen für biophysikalische Untersuchungsmethoden, wie surface plasmon resonance oder fluoreszenzmikroskopische Untersuchungen, versehen. In der zweiten Arbeit werden diese Peptide auch mit einem entsprechend verkürzten Protein zu biologisch wirksamen fluoreszenzmarkierten Protein-Chimeren assembliert. Die dritte Veröffentlichung behandelt eine andere Fragestellung aus dem Bereich des Ras-Proteins. Es geht um die Synthese eines natürlichen Inhibitors der Farnesyl-Transferase, die den ersten enzymatischen Schritt zur Bildung des reifen aktiven Ras-Proteins ausführt. Alle Arbeiten belegen die interessanten Aspekte biologisch-chemischer Forschungen auf einem Gebiet hoher Interdisziplinarität.
Daniel Krois
9. Entwicklung synthetischer Vakzine auf Peptidbasis gegen Malaria
Zusammenfassung
In diesem Kapitel wird aus dem Bereich der Immunologie das Thema „synthetischer Vakzine auf Peptidbasis“ am Beispiel der Bemühungen zur Entwicklung von Anti-Malaria-Impfstoffen behandelt. Nach einer kurzen Einleitung zur Klärung einiger immunologischer Begriffe wird der Lebenszyklus des Parasiten der Malariaerkrankung, Plasmodium falciparum, beschrieben. Es werden in der Folge drei Publikationen, die sich mit der Entwicklung peptidbasierter Impfstoffe gegen das Sporozoiten- und das Merozoiten-Stadium des Parasiten im Menschen befassen, näher besprochen. Ein wesentlicher Aspekt sind dabei auch die Strategien des Parasiten, das Immunsystem auszuspielen, und wie man dagegen vorgehen könnte. Am Ende des Kapitels werden noch verschiedene Techniken zur Bestimmung der Wirksamkeit von Antikörpern – auch anhand einer Publikation zum Thema Malaria – erörtert.
Daniel Krois
10. Anwendungen modifizierter Oligonucleotide
Zusammenfassung
Es werden verschiedene Anwendungen von Oligonucleotiden mit modifizierten Nucleobasen besprochen. Im ersten Teil geht es um die Bedeutung der Wasserstoffbrücken für Stabilität und Replikation von DNA. Der Ersatz der Nucleobase Thymin durch ein isosteres Analogon, das keine H-Brücken zu Adenin ausbilden kann, liefert vor allem höchst interessante Ergebnisse bezüglich der Selektivität der Polymerase-Reaktion. Im zweiten Abschnitt wird der Einsatz von Fluorophoren und Quenchern zum Nachweis bestimmter RNA- (oder DNA-) Sequenzen behandelt. Vor allem interessante Ansätze, die chemische Reaktionen für derartige assays ausnützen, stehen im Mittelpunkt. Der dritte Teil stellt eine Arbeit vor, bei der durch gezielt modifizierte Oligonucleotide die Einbringung eines Elektrons an einer spezifizierten Stelle gelingt und deren Auswirkung auf entferntere Nucleobasen untersucht wird. Sicher ist dies nur ein beschränkter und willkürlich ausgewählter Ausschnitt aus diesem interessanten und inspirierenden Gebiet der Nucleinsäurechemie.
Daniel Krois
11. Methoden zur Modifizierung von Proteinen – Einführung nicht-natürlicher Aminosäuren
Zusammenfassung
Es werden Methoden zur Einführung nicht-natürlicher Aminosäuren an definierte Stellen in Proteinen besprochen. Dabei geht es in erster Linie darum, entsprechende nicht verwendete Codons einer mRNA für die nicht-proteinogene „neue“ Aminosäure zu finden. Eine korrespondierende tRNA muss dann entweder durch Synthese oder mithilfe einer speziellen Aminoacyl-Transferase mit der neuen Aminosäure konjugiert werden. Es wurden zunächst In-vitro-Expressionssysteme entwickelt, die aber heute großteils durch In-vivo-Expression ersetzt werden. Beispiele nicht-natürlicher Aminosäuren sind solche, die Fluorophore, funktionelle Gruppen für Photoaffinitätsmarkierungen oder in vivo abspaltbare Schutzgruppen tragen. Aber es können so auch Aminosäuren mit posttranslationalen Modifikationen direkt eingeführt und getestet werden. Die Entwicklung geht immer mehr in Richtung auf artifizielle Mikroorganismen, die einen erweiterten genetischen Code zur Verfügung haben.
Daniel Krois
12. Optimierung von Struktur-Aktivitäts-Beziehungen (SAR): Entwicklung von Inhibitoren und Agonisten
Zusammenfassung
Die Spezifität von Enzym–Substrat- und Rezeptor–Ligand-Wechselwirkungen unterliegt sogenannten Struktur-Aktivitäts-Beziehungen. Dieses Kapitel beschäftigt sich im ersten Teil mit der Optimierung eines Inhibitors der spezifischen Protease Renin, der in jüngster Zeit als erstes und bisher einziges blutdrucksenkendes Mittel dieser Art zugelassen wurde. Neben den Methoden der Optimierung wird auch eine Synthese dieses Peptidmimeticums beschrieben. Es wird auch auf medizinische und wirtschaftliche Überlegungen in diesem Zusammenhang eingegangen. Im zweiten Teil werden wir zunächst die etwas verwirrende und im Dunkeln tappende Suche nach Süßstoffen verfolgen, die bis zum Jahr 2000 ohne Anhaltspunkt für einen Rezeptor verlaufen musste. Aber selbst jetzt, wo der Rezeptor bekannt ist, beruht das Modell für die süße Wirkung der verschiedensten Moleküle großteils noch auf Spekulation, es gibt offenbar noch keine klaren Strukturuntersuchungen von Rezeptor-Ligand-Komplexen. Die Entwicklung von kalorienarmen Süßstoffen ist natürlich auch von großem wirtschaftlichem Interesse.
Daniel Krois
Backmatter
Metadata
Title
Organisch-chemische Methoden
Author
Daniel Krois
Copyright Year
2017
Publisher
Springer Berlin Heidelberg
Electronic ISBN
978-3-662-53013-9
Print ISBN
978-3-662-53012-2
DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-662-53013-9