Skip to main content
Top

2005 | OriginalPaper | Chapter

Protein Sequence Classification Through Relevant Sequence Mining and Bayes Classifiers

Authors : Pedro Gabriel Ferreira, Paulo J. Azevedo

Published in: Progress in Artificial Intelligence

Publisher: Springer Berlin Heidelberg

Activate our intelligent search to find suitable subject content or patents.

search-config
loading …

We tackle the problem of sequence classification using relevant subsequences found in a dataset of protein labelled sequences. A subsequence is

relevant

if it is frequent and has a minimal length. For each query sequence a vector of features is obtained. The features consist in the number and average length of the relevant subsequences shared with each of the protein families. Classification is performed by combining these features in a Bayes Classifier. The combination of these characteristics results in a multi-class and multi-domain method that is exempt of data transformation and background knowledge. We illustrate the performance of our method using three collections of protein datasets. The performed tests showed that the method has an equivalent performance to state of the art methods in protein classification.

Dont have a licence yet? Then find out more about our products and how to get one now:

Springer Professional "Wirtschaft+Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft+Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 102.000 Bücher
  • über 537 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Nachhaltigkeit
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Maschinenbau + Werkstoffe
  • Versicherung + Risiko

Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Springer Professional "Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 67.000 Bücher
  • über 390 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Nachhaltigkeit
  • Maschinenbau + Werkstoffe




 

Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Springer Professional "Wirtschaft"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 67.000 Bücher
  • über 340 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Versicherung + Risiko




Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Metadata
Title
Protein Sequence Classification Through Relevant Sequence Mining and Bayes Classifiers
Authors
Pedro Gabriel Ferreira
Paulo J. Azevedo
Copyright Year
2005
Publisher
Springer Berlin Heidelberg
DOI
https://doi.org/10.1007/11595014_24

Premium Partner