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2009 | OriginalPaper | Chapter

Reconstructing Gene Networks from Microarray Time-Series Data via Granger Causality

Authors : Qiang Luo, Xu Liu, Dongyun Yi

Published in: Complex Sciences

Publisher: Springer Berlin Heidelberg

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Reconstructing gene network structure from Microarray time-series data is a basic problem in Systems Biology. In gene regulation networks, the time delays and the combination effects which are not considered by most existent models are key factors to understand the genetic regulatory networks. To address these problems, this paper proposed a fast algorithm to learn initial network structures for gene networks from time-series data by employing the Granger causality model to analyze the time delays and the combination effects for gene regulation. The simulation results on a synthetic network and the ethylene pathway in

Arabidopsis

show that the proposed algorithm is a promise tool for learning network structures from time-series data.

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Metadata
Title
Reconstructing Gene Networks from Microarray Time-Series Data via Granger Causality
Authors
Qiang Luo
Xu Liu
Dongyun Yi
Copyright Year
2009
Publisher
Springer Berlin Heidelberg
DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-642-02466-5_17

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