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2010 | OriginalPaper | Chapter

Sequence-Based Prediction of Protein Secretion Success in Aspergillus niger

Authors : Bastiaan A. van den Berg, Jurgen F. Nijkamp, Marcel J. T. Reinders, Liang Wu, Herman J. Pel, Johannes A. Roubos, Dick de Ridder

Published in: Pattern Recognition in Bioinformatics

Publisher: Springer Berlin Heidelberg

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The cell-factory

Aspergillus niger

is widely used for industrial enzyme production. To select potential proteins for large-scale production, we developed a sequence-based classifier that predicts if an over-expressed homologous protein will successfully be produced and secreted. A dataset of 638 proteins was used to train and validate a classifier, using a 10-fold cross-validation protocol. Using a linear discriminant classifier, an average accuracy of 0.85 was achieved. Feature selection results indicate what features are mostly defining for successful protein production, which could be an interesting lead to couple sequence characteristics to biological processes involved in protein production and secretion

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Metadata
Title
Sequence-Based Prediction of Protein Secretion Success in Aspergillus niger
Authors
Bastiaan A. van den Berg
Jurgen F. Nijkamp
Marcel J. T. Reinders
Liang Wu
Herman J. Pel
Johannes A. Roubos
Dick de Ridder
Copyright Year
2010
Publisher
Springer Berlin Heidelberg
DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-642-16001-1_1