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Erschienen in:
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2018 | OriginalPaper | Buchkapitel

Fast Algorithm for Vernier Search of Long Repeats in DNA Sequences with Bounded Error Density

verfasst von : Sergey P. Tsarev, Maria Y. Senashova, Michael G. Sadovsky

Erschienen in: Algorithms for Computational Biology

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

A novel algorithm to find all sufficiently long repeating nucleotide substrings in one or several DNA sequences is proposed. The algorithm searches approximately matching strings very fast with given level of local error density. Some biological applications illustrate the method.

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Metadaten
Titel
Fast Algorithm for Vernier Search of Long Repeats in DNA Sequences with Bounded Error Density
verfasst von
Sergey P. Tsarev
Maria Y. Senashova
Michael G. Sadovsky
Copyright-Jahr
2018
Buch
Algorithms for Computational Biology

Print ISBN: 978-3-319-91937-9

Electronic ISBN: 978-3-319-91938-6

Copyright-Jahr: 2018

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-319-91938-6_8