Skip to main content

2019 | OriginalPaper | Buchkapitel

Generalizations of the Genomic Rank Distance to Indels

verfasst von : João Paulo Pereira Zanetti, Leonid Chindelevitch, João Meidanis

Erschienen in: Algorithms for Computational Biology

Verlag: Springer International Publishing

Aktivieren Sie unsere intelligente Suche um passende Fachinhalte oder Patente zu finden.

search-config
loading …

Abstract

The rank distance model, introduced by Zanetti et al. in 2016, represents genome rearrangements in multi-chromosomal genomes looking at them as matrices. So far, this model only supported comparisons between genomes with the same gene content. We seek to generalize it, allowing for genomes with different gene content. In this paper, we approach such generalization from two different angles, both using the same representation of genomes, and leading to simple distance formulas and sorting algorithms for genomes with different gene contents, but without duplications.

Sie haben noch keine Lizenz? Dann Informieren Sie sich jetzt über unsere Produkte:

Springer Professional "Wirtschaft+Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft+Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 102.000 Bücher
  • über 537 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Nachhaltigkeit
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Maschinenbau + Werkstoffe
  • Versicherung + Risiko

Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Springer Professional "Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 67.000 Bücher
  • über 390 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Nachhaltigkeit
  • Maschinenbau + Werkstoffe




 

Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Springer Professional "Wirtschaft"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 67.000 Bücher
  • über 340 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Versicherung + Risiko




Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Literatur
2.
Zurück zum Zitat Braga, M.D.V., Machado, R., Ribeiro, L.C., Stoye, J.: Genomic distance under gene substitutions. BMC Bioinform. 12(Suppl 9), S8 (2011)CrossRef Braga, M.D.V., Machado, R., Ribeiro, L.C., Stoye, J.: Genomic distance under gene substitutions. BMC Bioinform. 12(Suppl 9), S8 (2011)CrossRef
4.
Zurück zum Zitat Braga, M.D., Willing, E., Stoye, J.: Double cut and join with insertions and deletions. J. Comput. Biol. 18(9), 1167–1184 (2011)MathSciNetCrossRef Braga, M.D., Willing, E., Stoye, J.: Double cut and join with insertions and deletions. J. Comput. Biol. 18(9), 1167–1184 (2011)MathSciNetCrossRef
6.
Zurück zum Zitat El-Mabrouk, N.: Sorting signed permutations by reversals and insertions/deletions of contiguous segments. J. Discrete Algorithms 1(1), 105–122 (2001)MathSciNet El-Mabrouk, N.: Sorting signed permutations by reversals and insertions/deletions of contiguous segments. J. Discrete Algorithms 1(1), 105–122 (2001)MathSciNet
9.
Zurück zum Zitat Kumar, S., Stecher, G., Li, M., Knyaz, C., Tamura, K.: MEGA X: molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms. Mol. Biol. Evol. 35(6), 1547–1549 (2018)CrossRef Kumar, S., Stecher, G., Li, M., Knyaz, C., Tamura, K.: MEGA X: molecular evolutionary genetics analysis across computing platforms. Mol. Biol. Evol. 35(6), 1547–1549 (2018)CrossRef
10.
Zurück zum Zitat Meidanis, J., Biller, P., Zanetti, J.P.P.: A matrix-based theory for genome rearrangements. Technical report IC-17-11, Institute of Computing, University of Campinas, in English, 45 p., August 2017 Meidanis, J., Biller, P., Zanetti, J.P.P.: A matrix-based theory for genome rearrangements. Technical report IC-17-11, Institute of Computing, University of Campinas, in English, 45 p., August 2017
11.
Zurück zum Zitat Paten, B., Zerbino, D.R., Hickey, G., Haussler, D.: A unifying model of genome evolution under parsimony. BMC Bioinform. 15(1), 206 (2014)CrossRef Paten, B., Zerbino, D.R., Hickey, G., Haussler, D.: A unifying model of genome evolution under parsimony. BMC Bioinform. 15(1), 206 (2014)CrossRef
12.
Zurück zum Zitat Saitou, N., Nei, M.: The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol. Biol. Evol. 4(4), 406–425 (1987) Saitou, N., Nei, M.: The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol. Biol. Evol. 4(4), 406–425 (1987)
13.
Zurück zum Zitat Willing, E., Zaccaria, S., Braga, M.D., Stoye, J.: On the inversion-indel distance. In: BMC Bioinformatics, vol. 14, p. S3. BioMed Central (2013)CrossRef Willing, E., Zaccaria, S., Braga, M.D., Stoye, J.: On the inversion-indel distance. In: BMC Bioinformatics, vol. 14, p. S3. BioMed Central (2013)CrossRef
14.
Zurück zum Zitat Yancopoulos, S., Attie, O., Friedberg, R.: Efficient sorting of genomic permutations by translocation, inversion and block interchange. Bioinformatics 21(16), 3340–3346 (2005)CrossRef Yancopoulos, S., Attie, O., Friedberg, R.: Efficient sorting of genomic permutations by translocation, inversion and block interchange. Bioinformatics 21(16), 3340–3346 (2005)CrossRef
15.
Zurück zum Zitat Yancopoulos, S., Friedberg, R.: DCJ path formulation for genome transformations which include insertions, deletions, and duplications. J. Comput. Biol. 16(10), 1311–1338 (2009)MathSciNetCrossRef Yancopoulos, S., Friedberg, R.: DCJ path formulation for genome transformations which include insertions, deletions, and duplications. J. Comput. Biol. 16(10), 1311–1338 (2009)MathSciNetCrossRef
16.
Zurück zum Zitat Zanetti, J.P.P., Biller, P., Meidanis, J.: Median approximations for genomes modeled as matrices. Bull. Math. Biol. 78(4), 786–814 (2016)MathSciNetCrossRef Zanetti, J.P.P., Biller, P., Meidanis, J.: Median approximations for genomes modeled as matrices. Bull. Math. Biol. 78(4), 786–814 (2016)MathSciNetCrossRef
Metadaten
Titel
Generalizations of the Genomic Rank Distance to Indels
verfasst von
João Paulo Pereira Zanetti
Leonid Chindelevitch
João Meidanis
Copyright-Jahr
2019
DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-030-18174-1_11