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Erschienen in:
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2015 | OriginalPaper | Buchkapitel

HapTree-X: An Integrative Bayesian Framework for Haplotype Reconstruction from Transcriptome and Genome Sequencing Data

verfasst von : Emily Berger, Deniz Yorukoglu, Bonnie Berger

Erschienen in: Research in Computational Molecular Biology

Verlag: Springer International Publishing

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By running standard genotype calling tools, it is possible to accurately identify the number of “wild type” and “mutant” alleles for each single-nucleotide polymorphism (SNP) site. However, in the case of two heterozygous SNP sites, genotype calling tools cannot determine whether “mutant” alleles from different SNP loci are on the same chromosome or on different homologous chromosomes (i.e. compound heterozygote).

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Metadaten
Titel
HapTree-X: An Integrative Bayesian Framework for Haplotype Reconstruction from Transcriptome and Genome Sequencing Data
verfasst von
Emily Berger
Deniz Yorukoglu
Bonnie Berger
Copyright-Jahr
2015
Buch
Research in Computational Molecular Biology

Print ISBN: 978-3-319-16705-3

Electronic ISBN: 978-3-319-16706-0

Copyright-Jahr: 2015

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-319-16706-0_4