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01.05.2016 | Ausgabe 5/2016

The Journal of Supercomputing 5/2016

High performance clustering algorithm for analysis of protein family clusters

Zeitschrift:
The Journal of Supercomputing > Ausgabe 5/2016
Autoren:
Seok-Hyeon Han, Gangman Yi

Abstract

Techniques for analyzing genome sequences in high performance environments to predict the function and structure of a protein have been developing. The function of a protein is determined by its characteristics and the sequence pattern, and a protein is classified as belonging to a family according to its genealogy and structure. This study determines the protein family of unknown proteins by analyzing the sequence database of the proteins, which is classified using a clustering algorithm. The analysis of the experimental clustering results verified that, by applying the proposed pf_cluster algorithm, the protein family of new proteins can be found using their sequence information.

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