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Erschienen in:
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2015 | OriginalPaper | Buchkapitel

Inferring Large Gene Networks with a Hybrid Fuzzy Clustering Method

verfasst von : Chung-Hsun Lin, Yu-Ting Hsiao, Wei-Po Lee

Erschienen in: Intelligent Computing Theories and Methodologies

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

To tackle the scalability problem in reverse engineering gene networks, this study presents an approach with two phases: gene clustering and network reconstruction. For gene clustering, a hybrid data and knowledge-driven method is developed to calculate similarity between genes. In the network reconstruction procedure, a Boolean network model is inferred from gene clusters. A series of experiments are conducted to investigate the effect of the hybrid similarity measure in gene clustering and network reconstruction. The results prove the feasibility and effectiveness of the proposed approach.

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Metadaten
Titel
Inferring Large Gene Networks with a Hybrid Fuzzy Clustering Method
verfasst von
Chung-Hsun Lin
Yu-Ting Hsiao
Wei-Po Lee
Copyright-Jahr
2015
Buch
Intelligent Computing Theories and Methodologies

Print ISBN: 978-3-319-22179-3

Electronic ISBN: 978-3-319-22180-9

Copyright-Jahr: 2015

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-319-22180-9_71