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Erschienen in:
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2005 | OriginalPaper | Buchkapitel

Profiling and Searching for RNA Pseudoknot Structures in Genomes

verfasst von : Chunmei Liu, Yinglei Song, Russell L. Malmberg, Liming Cai

Erschienen in: Computational Science – ICCS 2005

Verlag: Springer Berlin Heidelberg

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A new method is developed that can profile and efficiently search for pseudoknot structures in noncoding RNA genes. It profiles interleaving stems in pseudoknot structures with independent Covariance Model (CM) components. The statistical alignment score for searching is obtained by combining the alignment scores from all CM components. Our experiments show that the model can achieve excellent accuracy on both random and biological data. The efficiency achieved by the method makes it possible to search for the pseudoknot structures in genomes of a variety of organisms.

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Nächstes Kapitel Integrating Text Chunking with Mixture Hidden Markov Models for Effective Biomedical Information Extraction
Metadaten
Titel
Profiling and Searching for RNA Pseudoknot Structures in Genomes
verfasst von
Chunmei Liu
Yinglei Song
Russell L. Malmberg
Liming Cai
Copyright-Jahr
2005
Verlag
Springer Berlin Heidelberg
Buch
Computational Science – ICCS 2005

Print ISBN: 978-3-540-26043-1

Electronic ISBN: 978-3-540-32114-9

Copyright-Jahr: 2005

DOI
https://doi.org/10.1007/11428848_123