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2014 | OriginalPaper | Buchkapitel

Reconciliation with Non-binary Gene Trees Revisited

verfasst von : Yu Zheng, Louxin Zhang

Erschienen in: Research in Computational Molecular Biology

Verlag: Springer International Publishing

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By reconciling the phylogenetic tree of a gene family with the corresponding species tree, it is possible to infer lineage-specific duplications and losses with high confidence and hence annotate orthologs and paralogs. However, the currently available reconciliation methods for non-binary gene trees are computationally expensive for being applied on a genomic level. Here, an

O

(|

G

| + |

S

|) algorithm is presented to reconcile an arbitrary gene tree

G

with its corresponding species tree

S

, where |·| denotes the number of nodes in the corresponding tree. The improvement is achieved through two innovations: a fast computation of compressed child-image subtrees and efficient reconstruction of irreducible duplication histories.

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Metadaten
Titel
Reconciliation with Non-binary Gene Trees Revisited
verfasst von
Yu Zheng
Louxin Zhang
Copyright-Jahr
2014
Verlag
Springer International Publishing
DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-319-05269-4_33