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Erschienen in:
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2016 | OriginalPaper | Buchkapitel

On Optimization of FRAP Experiments: Model-Based Sensitivity Analysis Approach

verfasst von : Štěpán Papáček, Stefan Kindermann

Erschienen in: Bioinformatics and Biomedical Engineering

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

The accuracy in the determination of model parameters from data depends on the experimental setup. The advance in this area is often hindered by lack of communication between experimentalists and mathematical modelers. We aim to point out a potential benefit in parameter inference when the design variables are chosen optimally. Our approach, although case independent, is illustrated on FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching) experimental technique. The core idea is closely related to the sensitivity analysis, namely to the maximization of a sensitivity measure depending on experimental settings. The proposed modification of the FRAP experimental protocol is simple and the enhancement of the whole parameter estimation process is significant.

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Fußnoten
1
In general we observe both recovery and loss in fluorescence in different regions corresponding to FRAP or FLIP (Fluorescence Loss in Photobleaching), respectively, see [2, 3] for more details.
 
2
Obviously, there is the transport of bleached particles from the bleached region to originally non-bleached regions.
 
3
Papáček et al. in [9] allow to change the diffusion coefficient p in time, i.e., \(p=(p_j)_{j=1}^{N_t}\). This approach in fact permits to model the anomalous diffusion as well as normal diffusion.
 
4
Despite the aforementioned problems, some successful stories already exist [14].
 
Literatur
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15.
Metadaten
Titel
On Optimization of FRAP Experiments: Model-Based Sensitivity Analysis Approach
verfasst von
Štěpán Papáček
Stefan Kindermann
Copyright-Jahr
2016
Buch
Bioinformatics and Biomedical Engineering

Print ISBN: 978-3-319-31743-4

Electronic ISBN: 978-3-319-31744-1

Copyright-Jahr: 2016

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-319-31744-1_49