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2016 | OriginalPaper | Buchkapitel

New Error Tolerant Method for Search of Long Repeats in DNA Sequences

verfasst von : Sergey P. Tsarev, Michael G. Sadovsky

Erschienen in: Algorithms for Computational Biology

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

A new method to identify all sufficiently long repeating nucleotide substrings in one or several DNA sequences is proposed. The method based on a specific gauge applied to DNA sequences that guarantees identification of the repeating substrings. The method allows the matching substrings to contain a given level of errors. The gauge is based on the development of a heavily sparse dictionary of repeats, thus drastically accelerating the search procedure. Some biological applications illustrate the method.

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Metadaten
Titel
New Error Tolerant Method for Search of Long Repeats in DNA Sequences
verfasst von
Sergey P. Tsarev
Michael G. Sadovsky
Copyright-Jahr
2016
Buch
Algorithms for Computational Biology

Print ISBN: 978-3-319-38826-7

Electronic ISBN: 978-3-319-38827-4

Copyright-Jahr: 2016

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-319-38827-4_14