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Measurement Techniques
Erschienen in: Measurement Techniques 12/2012

01.03.2012 | Medical and Biological Measurements

Selection of a reference sequence for the determination of nucleotide sequences in DNA molecules

verfasst von: S. S. Golubev, S. A. Kononogov, N. V. Ravin, K. G. Skryabin

Erschienen in: Measurement Techniques | Ausgabe 12/2012

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Abstract

A fragment of the DNA sequence of the pUC18 plasmid is proposed as a reference sequence for the calibration and metrological assurance of genome analyzers. This fragment consists of 271 nucleotide pairs and is obtained by a reference method. This sequence is optimal for determining the metrological characteristics of genome analyzers in light of its stability and the existence of several segments with repeating nucleotides. An example is given for the calculation of a genome analyzer characteristic, namely, the probability of error in measurement of the genome sequence.
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Literatur
1.
M. Margulies et al., “Genome sequencing in microfabricated high-density picolitre reactors,” Nature, No. 437, 376–380 (2005).
2.
S. A. Kononogov, Metrology and Fundamental Physical Constants [in Russian], Standartinform, Moscow (2008).
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C. Yanisch-Perron et al., “Improved M13 phase cloning vectors and host strains: nucleotide sequences of the M13mp18 and pUC19 vectors,” Gene, No. 33, 103–119 (1985).
4.
V. N. Rybchin, Fundamentals of Genetic Engineering: University Textbook [in Russian], Izd. SPbGU, St. Petersburg, Russia (2002).
5.
T. A. Kunkel, “DNA replication fidelity,” J. Biol. Chem., No. 279(17), 16895–16903 (2004).
6.
International Metrology Dictionary. Major and General Concepts and Corresponding Terms [in Russian], Professional, St. Petersburg, Russia (2010).
Metadaten
Titel
Selection of a reference sequence for the determination of nucleotide sequences in DNA molecules
verfasst von
S. S. Golubev
S. A. Kononogov
N. V. Ravin
K. G. Skryabin
Publikationsdatum
01.03.2012
Verlag
Springer US
Erschienen in
Measurement Techniques / Ausgabe 12/2012
Print ISSN: 0543-1972
Elektronische ISSN: 1573-8906
DOI
https://doi.org/10.1007/s11018-012-9903-4

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