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2015 | OriginalPaper | Buchkapitel

2. Molecular Dynamics Simulation

verfasst von : Alexander Heinecke, Wolfgang Eckhardt, Martin Horsch, Hans-Joachim Bungartz

Erschienen in: Supercomputing for Molecular Dynamics Simulations

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

This section provides a compact description of the basics of MD simulation. It only covers topics that are required to understand MD simulation in process engineering, i.e. in particular molecular modeling, the computation of potentials and forces, as well as the efficient identification of neighboring molecules. Here focus is put on single- and multi-center interactions based on the Lennard-Jones potential for short-range interactions. These detailed descriptions help to elaborate the differences between MD in process engineering and other fields and motivate the development of a specialized code. Such a code is ls1 mardyn, whose optimizations are discussed in the up-coming chapters. At the end of the section we provide the general layout of the software.

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Metadaten
Titel
Molecular Dynamics Simulation
verfasst von
Alexander Heinecke
Wolfgang Eckhardt
Martin Horsch
Hans-Joachim Bungartz
Copyright-Jahr
2015
Buch
Supercomputing for Molecular Dynamics Simulations

Print ISBN: 978-3-319-17147-0

Electronic ISBN: 978-3-319-17148-7

Copyright-Jahr: 2015

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-319-17148-7_2

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