Multiple Alignments

Das multiple Alignment, also das gleichzeitige analysieren mehrerer Sequenzen, liefert im Vergleich zum paarweisen Sequenzvergleich genauere Informationen über Aminosäureverteilungen an einzelnen Positionen. Solche Verteilungen können nicht nur Aufschluß über konservierte Bereiche geben, sondern sie sind auch die Grundlage für profilbasierte Datenbanksuchen (siehe Kapitel 4.2.4) und phylogenetische Analysen (siehe Kapitel 6). Die häufigsten multiplen Alignments sind globale Alignments, die mit heuristischen Methoden errechnet werden. Für die Analyse von Proteindomänen werden lokale multiple Alignments benötigt.