Die Hauptquellen genetischer Variation sind Mutation und Rekombination. Eine Mutation als eine spontane (oder experimentell induzierte) Veränderung des Erbguts kann auf sehr unterschiedlicher Ebene und in allen Genomen der Pflanzenzelle stattfinden. Es kann zur Veränderung der Nucleotidsequenz in einem Gen kommen (Genmutation), die Struktur der Chromosomen kann sich verändern (Chromosomenmutation), und schließlich kann das gesamte Genom verändert werden (Genommutation). Für alle Mutationen gilt, dass sie zufällig sind, d. h., es gibt keinerlei Möglichkeit, Art und Ort einer Mutation vorherzusagen, und dass sie ungerichtet sind und in keinem Zusammenhang mit den Selektionsbedingungen stehen, denen ein Individuum ausgesetzt ist. Für den evolutionären Prozess sind hauptsächlich solche Mutationen relevant, die in den Keimzellen auftreten.
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