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2009 | OriginalPaper | Buchkapitel

Natural Parameter Values for Generalized Gene Adjacency

verfasst von : Zhenyu Yang, David Sankoff

Erschienen in: Comparative Genomics

Verlag: Springer Berlin Heidelberg

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Given the gene orders in two modern genomes, it may be difficult to decide if some genes are close enough in both genomes to infer some ancestral proximity or some functional relationship. Current methods all depend on arbitrary parameters. We explore a two-parameter class of gene proximity criteria, and find natural values for these parameters. One has to do with the parameter value where the expected information contained in two genomes about each other is maximized. The other has to do with parameter values beyond which all genes are clustered. We analyse these using combinatorial and probabilistic arguments as well as simulations.

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Metadaten
Titel
Natural Parameter Values for Generalized Gene Adjacency
verfasst von
Zhenyu Yang
David Sankoff
Copyright-Jahr
2009
Verlag
Springer Berlin Heidelberg
DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-642-04744-2_2