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Erschienen in:

2019 | OriginalPaper | Buchkapitel

Non-Coding Regions of Chloroplast Genomes Exhibit a Structuredness of Five Types

verfasst von : Michael Sadovsky, Maria Senashova, Inna Gorban, Vladimir Gustov

Erschienen in: Bioinformatics and Biomedical Engineering

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

We studied the statistical properties of non-coding regions of chloroplast genomes of 391 plants. To do that, each non-coding region has been tiled with a set of overlapping fragments of the same length, and those fragments were transformed into triplet frequency dictionaries. The dictionaries were clustered in 64-dimensional Euclidean space. Five types of the distributions were identified: ball, ball with tail, ball with two tails, lens with tail, and lens with two tails. Besides, the multi-genome distribution has been studied: there are ten species performing an isolated and distant cluster; surprisingly, there is no immediate and simple relation in taxonomy composition of these clusters.

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Titel: Non-Coding Regions of Chloroplast Genomes Exhibit a Structuredness of Five Types
verfasst von: Michael Sadovsky
Maria Senashova
Inna Gorban
Vladimir Gustov
Verlag: Springer International Publishing
Buch: Bioinformatics and Biomedical Engineering
Print ISBN: 978-3-030-17937-3

Electronic ISBN: 978-3-030-17938-0

Copyright-Jahr: 2019
DOI: https://doi.org/10.1007/978-3-030-17938-0_31

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Abstract

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