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2018 | OriginalPaper | Buchkapitel

Performance Analysis and Optimization of Cyro-EM Structure Determination in RELION-2

verfasst von : Xin You, Hailong Yang, Zhongzhi Luan, Depei Qian

Erschienen in: Advanced Computer Architecture

Verlag: Springer Singapore

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Abstract

REgularised LIkelihood OptimisatioN (RELION) is one of the most popular softwares used in single particle cryo-EM structure determination. Although efforts have been made to optimize the workflow of RELION, the refinement step still remains as a bottleneck for our exploration of performance improvement. In this paper, we thoroughly analyze the cause of the performance bottleneck and propose corresponding optimization for performance speedup. The experiment results show that our approach achieves a speedup of 3.17\(\times \) without degrading the resolution.

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Literatur
1.
2.
Elmlund, D., Elmlund, H.: Simple: software for ab initio reconstruction of heterogeneous single-particles. J. Struct. Biol. 180(3), 420–427 (2012)CrossRef
3.
Fernandez-Leiro, R., Scheres, S.H.: A pipeline approach to single-particle processing in relion. Acta Crystallogr. Sect. D: Struct. Biol. 73(6), 496–502 (2017)CrossRef
4.
Frank, J., Shimkin, B., Dowse, H.: Spider-a modular software system for electron image processing. Ultramicroscopy 6(4), 343–357 (1981)CrossRef
5.
Grigorieff, N.: Frealign: high-resolution refinement of single particle structures. J. Struct. Biol. 157(1), 117–125 (2007)MathSciNetCrossRef
6.
Khoshouei, M., Radjainia, M., Baumeister, W., Danev, R.: Cryo-em structure of haemoglobin at 3.2 å determined with the volta phase plate. Nat. Commun. 8, 16099 (2017)CrossRef
7.
Kimanius, D., Forsberg, B.O., Scheres, S.H., Lindahl, E.: Accelerated cryo-EM structure determination with parallelisation using GPUS in Relion-2. Elife 5 (2016)
8.
9.
10.
Paulino, C., Kalienkova, V., Lam, A.K., Neldner, Y., Dutzler, R.: Activation mechanism of the calcium-activated chloride channel TMEM16A revealed by cryo-EM. Nature 552(7685), 421 (2017)CrossRef
11.
Pipe, J.G., Menon, P.: Sampling density compensation in MRI: rationale and an iterative numerical solution. Magn. Reson. Med. 41(1), 179–186 (1999)CrossRef
12.
Punjani, A., Rubinstein, J.L., Fleet, D.J., Brubaker, M.A.: cryoSPARC: algorithms for rapid unsupervised cryo-EM structure determination. Nat. Methods 14(3), 290 (2017)CrossRef
13.
Reinders, J.: VTune (TM) Performance Analyzer Essentials: Measurement and Tuning Techniques for Software Developers. Intel Press (2004)
14.
Scheres, S.H.: Relion: implementation of a bayesian approach to cryo-EM structure determination. J. Struct. Biol. 180(3), 519–530 (2012)CrossRef
15.
Su, H., Wen, W., Du, X., Lu, X., Liao, M., Li, D.: GeRelion: GPU-enhanced parallel implementation of single particle cryo-EM image processing. bioRxiv p. 075887 (2016)
16.
Tang, G., et al.: EMAN2: an extensible image processing suite for electron microscopy. J. Struct. Biol. 157(1), 38–46 (2007)CrossRef
17.
18.
Zhang, X., Yan, C., Hang, J., Finci, L.I., Lei, J., Shi, Y.: An atomic structure of the human spliceosome. Cell 169(5), 918–929 (2017)CrossRef
Metadaten
Titel
Performance Analysis and Optimization of Cyro-EM Structure Determination in RELION-2
verfasst von
Xin You
Hailong Yang
Zhongzhi Luan
Depei Qian
Copyright-Jahr
2018
Verlag
Springer Singapore
Buch
Advanced Computer Architecture

Print ISBN: 978-981-13-2422-2

Electronic ISBN: 978-981-13-2423-9

Copyright-Jahr: 2018

DOI
https://doi.org/10.1007/978-981-13-2423-9_15

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