Skip to main content

2016 | OriginalPaper | Buchkapitel

Performance Efficiency and Effectiveness of Clustering Methods for Microarray Datasets

verfasst von : Smita Chormunge, Sudarson Jena

Erschienen in: Proceedings of 3rd International Conference on Advanced Computing, Networking and Informatics

Verlag: Springer India

Aktivieren Sie unsere intelligente Suche, um passende Fachinhalte oder Patente zu finden.

search-config
loading …

Abstract

Numerous of clustering methods are proficiently work for low dimensional data. However Clustering High dimensional data is still challenging related to time complexity and accuracy. This paper presents the performance efficiency and effectiveness of K-means and Agglomerative hierarchical clustering methods based on Euclidean distance function and quality measures Precision, Recall and F-measure for Microarray datasets by varying cluster values. Efficiency concerns about computational time required to build up dataset and effectiveness concerns about accuracy to cluster the data. Experimental results on Microarray datasets reveal that K-means clustering algorithm is favorable in terms of effectiveness where as efficiency of clustering algorithms depends on dataset used for empirical study.

Sie haben noch keine Lizenz? Dann Informieren Sie sich jetzt über unsere Produkte:

Springer Professional "Wirtschaft+Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft+Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 102.000 Bücher
  • über 537 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Nachhaltigkeit
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Maschinenbau + Werkstoffe
  • Versicherung + Risiko

Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Springer Professional "Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 67.000 Bücher
  • über 390 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Nachhaltigkeit
  • Maschinenbau + Werkstoffe




 

Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Springer Professional "Wirtschaft"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 67.000 Bücher
  • über 340 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Versicherung + Risiko




Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Literatur
2.
Zurück zum Zitat Steinbach, M., Ertöz, L., Kumar, V.: The challenges of clustering high dimensional data. In: New Vistas in Statistical Physics—Applications in Econophysics, Bioinformatics, and Pattern Recognition. Springer (2004) Steinbach, M., Ertöz, L., Kumar, V.: The challenges of clustering high dimensional data. In: New Vistas in Statistical Physics—Applications in Econophysics, Bioinformatics, and Pattern Recognition. Springer (2004)
3.
Zurück zum Zitat Xu, R., Wunsch, D., Survey of clustering algorithms. IEEE Trans. Neural Netw. 16(3), 645–678 (May 2005) Xu, R., Wunsch, D., Survey of clustering algorithms. IEEE Trans. Neural Netw. 16(3), 645–678 (May 2005)
4.
Zurück zum Zitat Steinbach, M., Karypis, G., Kumar, V.: A comparison of document clustering techniques. In: KDD Workshop on Text Mining (2000) Steinbach, M., Karypis, G., Kumar, V.: A comparison of document clustering techniques. In: KDD Workshop on Text Mining (2000)
5.
Zurück zum Zitat Onoda, T., Sakai, M., Independent component analysis based seeding method for k-means clustering. In: IEEE/WIC/ACM International Conferences on Web Intelligence and Intelligent Agent Technology (2011). doi:10.1109/WI-IAT.2011.29 Onoda, T., Sakai, M., Independent component analysis based seeding method for k-means clustering. In: IEEE/WIC/ACM International Conferences on Web Intelligence and Intelligent Agent Technology (2011). doi:10.​1109/​WI-IAT.​2011.​29
6.
Zurück zum Zitat Dhillon, I., Modha, D.: Concept decompositi-on for large sparse text data using clustering. Mach. Learn. 42, 143–175 (2001)CrossRefMATH Dhillon, I., Modha, D.: Concept decompositi-on for large sparse text data using clustering. Mach. Learn. 42, 143–175 (2001)CrossRefMATH
7.
Zurück zum Zitat Rokach, L., Maimon, O.: Clustering Methods Data Mining and Knowledge Discovery Handbook. Springer (2005) Rokach, L., Maimon, O.: Clustering Methods Data Mining and Knowledge Discovery Handbook. Springer (2005)
8.
Zurück zum Zitat Achtert, E., Goldhofer, S., Kriegel,H.-P., Schubert, E., Zimek, A.: Evaluation of clusterings—metrics and visual support. In: Proceedings of the 28th International Conference on Data Engineering (ICDE), Washington, DC (2012) Achtert, E., Goldhofer, S., Kriegel,H.-P., Schubert, E., Zimek, A.: Evaluation of clusterings—metrics and visual support. In: Proceedings of the 28th International Conference on Data Engineering (ICDE), Washington, DC (2012)
9.
Zurück zum Zitat Bourennani, F., Pu, K.Q., Zhu, Y.: Visualization and integration of databases using self-organizing map. IEEE Int. Conf. Adv. Databases Knowl. Data Appl. 155–160 (2009). doi:10.1109/DBKDA.2009.30 Bourennani, F., Pu, K.Q., Zhu, Y.: Visualization and integration of databases using self-organizing map. IEEE Int. Conf. Adv. Databases Knowl. Data Appl. 155–160 (2009). doi:10.​1109/​DBKDA.​2009.​30
10.
Zurück zum Zitat Greenacre, M., Primicerio, R.: Measures of Distance between Samples: Euclidean, pp. 47–59. Fundacion BBVA Publication (December 2013). ISBN:978-84-92937-50-9 Greenacre, M., Primicerio, R.: Measures of Distance between Samples: Euclidean, pp. 47–59. Fundacion BBVA Publication (December 2013). ISBN:978-84-92937-50-9
12.
Zurück zum Zitat Bouckaert, R.R., Frank, E., Hall, M., Kirkby, R., Reutemann, P., Seewald, A., Scuse, D.: WEKA Manual for Version 3-7-10, July 31, 2013 Bouckaert, R.R., Frank, E., Hall, M., Kirkby, R., Reutemann, P., Seewald, A., Scuse, D.: WEKA Manual for Version 3-7-10, July 31, 2013
Metadaten
Titel
Performance Efficiency and Effectiveness of Clustering Methods for Microarray Datasets
verfasst von
Smita Chormunge
Sudarson Jena
Copyright-Jahr
2016
Verlag
Springer India
DOI
https://doi.org/10.1007/978-81-322-2529-4_58