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Erschienen in:
Remarks on Invariant Method of the Second-Order Linear Differential Equations with Variable Coefficients Kapitel lesen Erstes Kapitel lesen

2013 | OriginalPaper | Buchkapitel

Petri Net Modeling and Analysis Based on Gene Logic Network

verfasst von : Yulin Zhang, Shudong Wang, Hongyue Wu, Yan Yi

Erschienen in: Proceedings of The Eighth International Conference on Bio-Inspired Computing: Theories and Applications (BIC-TA), 2013

Verlag: Springer Berlin Heidelberg

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Abstract

Petri net has recently emerged as a promising tool for the modeling and analysis of molecular networks. In this research, gene logic network constructed by approach-logic analysis of phylogenetic profiles method is described. In order to depict the logic interactions between genes, a new Petri net formalism with augmented inhibitor arc is proposed, which is called ALTPN. Two different types of places and different transitions are formulated in ALTPN, and then corresponding firing rule is given. Further, ALTPN of all 1-order and 2-order gene logic types are listed. Finally reachability graph method is used to accomplish asynchronous dynamic analysis of gene logic interactions in colon cancer and some conclusions are drawn.

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Metadaten
Titel
Petri Net Modeling and Analysis Based on Gene Logic Network
verfasst von
Yulin Zhang
Shudong Wang
Hongyue Wu
Yan Yi
Copyright-Jahr
2013
Verlag
Springer Berlin Heidelberg
Buch
Proceedings of The Eighth International Conference on Bio-Inspired Computing: Theories and Applications (BIC-TA), 2013

Print ISBN: 978-3-642-37501-9

Electronic ISBN: 978-3-642-37502-6

Copyright-Jahr: 2013

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-642-37502-6_46