Skip to main content

2006 | OriginalPaper | Buchkapitel

PPPA: Push and Pull Pedigree Analyzer for Large and Complex Pedigree Databases

verfasst von : Arturas Mazeika, Janis Petersons, Michael H. Böhlen

Erschienen in: Advances in Databases and Information Systems

Verlag: Springer Berlin Heidelberg

Aktivieren Sie unsere intelligente Suche um passende Fachinhalte oder Patente zu finden.

search-config
loading …

In this paper we introduce a novel push and pull technique to analyze pedigree data. We present the Push and Pull Pedigree Analyzer (PPPA) to organize large and complex pedigrees and investigate the development of genetic diseases. PPPA receives as input a pedigree (ancestry information) of different families. For each person the pedigree contains information about the occurrence of a specific genetic disease. We propose a new solution to arrange and visualize the individuals of the pedigree based on the relationships between individuals and information about the disease. PPPA starts with random positions of the individuals, and iteratively pushes apart non-relatives with opposite diseases patterns and pulls together relatives with identical disease patterns. The goal is a visualization that groups families with homogeneous disease patterns.

We investigate our solution experimentally with genetic data from peoples from South Tyrol, Italy. We show that the algorithm converges independent of the number of individuals

n

and the complexity of the relationships. The runtime of the algorithm is super-linear wrt

n

. The space complexity of the algorithm is linear wrt

n

. The visual analysis of the method confirms that our push and pull technique successfully deals with large and complex pedigrees.

Sie haben noch keine Lizenz? Dann Informieren Sie sich jetzt über unsere Produkte:

Springer Professional "Wirtschaft+Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft+Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 102.000 Bücher
  • über 537 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Nachhaltigkeit
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Maschinenbau + Werkstoffe
  • Versicherung + Risiko

Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Springer Professional "Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 67.000 Bücher
  • über 390 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Nachhaltigkeit
  • Maschinenbau + Werkstoffe




 

Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Springer Professional "Wirtschaft"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 67.000 Bücher
  • über 340 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Versicherung + Risiko




Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Metadaten
Titel
PPPA: Push and Pull Pedigree Analyzer for Large and Complex Pedigree Databases
verfasst von
Arturas Mazeika
Janis Petersons
Michael H. Böhlen
Copyright-Jahr
2006
Verlag
Springer Berlin Heidelberg
DOI
https://doi.org/10.1007/11827252_26