Skip to main content
main-content

Tipp

Weitere Artikel dieser Ausgabe durch Wischen aufrufen

02.01.2019 | Methodologies and Application

Protein docking using constrained self-adaptive differential evolution algorithm

Zeitschrift:
Soft Computing
Autoren:
S. Sudha, S. Baskar, S. Krishnaswamy
Wichtige Hinweise
Communicated by V. Loia.

Publisher’s Note

Springer Nature remains neutral with regard to jurisdictional claims in published maps and institutional affiliations.

Abstract

The objective of protein docking is to achieve a relative orientation and an optimized conformation between two proteins that results in a stable structure with the minimized potential energy. Constrained self-adaptive differential evolution (Cons_SaDE) algorithm is used to find the minimum energy conformation using proposed constraints such as boundary surface complementary interactions, non-bonded inter-atomic allowed distances and finding of interaction and non-interaction sites. With these constraints, Cons_SaDE is efficient enough to explore the promising solutions by gradually self-adapting the strategies and parameters learned from their previous experiences. Modified sampling scheme called rotate only representation is used to represent a docking conformation. GROMOS53A6 force field is used to find the potential energy. To test the performance of this algorithm, few bound and unbound complexes from Protein Data Bank (PDB) and few easy, medium and difficult complexes from Zlab Benchmark 4.0 are used. Buried surface area, root-mean-square deviation (RMSD) and correlation coefficient are some of the metrics applied to evaluate the best docked conformations. RMSD values of the best docked conformations obtained from five popular docking Web servers are compared with Cons_SaDE results, and nonparametric statistical tests for multiple comparisons with control method are implemented to show the performance of this algorithm. Cons_SaDE has produced good-quality solutions for the most of the data sets considered.

Bitte loggen Sie sich ein, um Zugang zu diesem Inhalt zu erhalten

Sie möchten Zugang zu diesem Inhalt erhalten? Dann informieren Sie sich jetzt über unsere Produkte:

Springer Professional "Wirtschaft+Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft+Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 69.000 Bücher
  • über 500 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Umwelt
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Maschinenbau + Werkstoffe

Testen Sie jetzt 30 Tage kostenlos.

Springer Professional "Wirtschaft"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 58.000 Bücher
  • über 300 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb

Testen Sie jetzt 30 Tage kostenlos.

Springer Professional "Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 50.000 Bücher
  • über 380 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Umwelt
  • Maschinenbau + Werkstoffe​​​​​​​​​​​​​​

Testen Sie jetzt 30 Tage kostenlos.

Literatur
Über diesen Artikel

Premium Partner

BranchenIndex Online

Die B2B-Firmensuche für Industrie und Wirtschaft: Kostenfrei in Firmenprofilen nach Lieferanten, Herstellern, Dienstleistern und Händlern recherchieren.

Whitepaper

- ANZEIGE -

Best Practices für die Mitarbeiter-Partizipation in der Produktentwicklung

Unternehmen haben das Innovationspotenzial der eigenen Mitarbeiter auch außerhalb der F&E-Abteilung erkannt. Viele Initiativen zur Partizipation scheitern in der Praxis jedoch häufig. Lesen Sie hier  - basierend auf einer qualitativ-explorativen Expertenstudie - mehr über die wesentlichen Problemfelder der mitarbeiterzentrierten Produktentwicklung und profitieren Sie von konkreten Handlungsempfehlungen aus der Praxis.
Jetzt gratis downloaden!

Bildnachweise