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01.12.2009 | Ausgabe 4/2009

Natural Computing 4/2009

Rule-based programming for integrative biological modeling

Application to the modeling of the λ phage genetic switch

Zeitschrift:
Natural Computing > Ausgabe 4/2009
Autoren:
Olivier Michel, Antoine Spicher, Jean-Louis Giavitto
Wichtige Hinweise
This work is partially funded by the BQR of the University of Évry on “Synthetic Biology”.

Abstract

Systems biology aims at integrating processes at various time and spatial scales into a single and coherent formal description to allow computer modeling. In this context, we focus on rule-based modeling and its integration in the domain-specific language MGS . Through the notions of topological collections and transformations, MGS allows the modeling of biological processes at various levels of description. We validate our approach through the description of various models of the genetic switch of the λ phage, from a very simple biochemical description of the process to an individual-based model on a Delaunay graph topology. This approach is a first step into providing the requirements for the emerging field of spatial systems biology which integrates spatial properties into systems biology.

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