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2020 | OriginalPaper | Buchkapitel

Search for Tandem Repeats in the First Chromosome from the Rice Genome

verfasst von : Eugene V. Korotkov, Anastasya M. Kamionskaya, Maria A. Korotkova

Erschienen in: Bioinformatics Research and Applications

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

Using the RPWM method, we searched for tandem repeats of 2 to 50 nucleotides long in the rice genome. We compared the effectiveness of the RPWM method with Mreps, T-reks, Tandem Repeat Finder and ATR Hunter. About 70% of the tandem repeats found could not be found by other algorithms. The correlation of dispersed repeats and transposons with tandem repeats was studied in this work. We assumed that some of the dispersed repeats and transposons originated from tandem repeats

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Literatur
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Metadaten
Titel
Search for Tandem Repeats in the First Chromosome from the Rice Genome
verfasst von
Eugene V. Korotkov
Anastasya M. Kamionskaya
Maria A. Korotkova
Copyright-Jahr
2020
DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-030-57821-3_26