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2020 | OriginalPaper | Buchkapitel

Simultaneous Phasing of Multiple Polyploids

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Abstract

We address the problem of phasing polyploids specifically with polyploidy larger than two. We consider the scenario where the input is the genotype of samples along a genic chromosomal segment. In this setting, instead of NGS reads of the segments of a sample, genotype data from multiple individuals is available for simultaneous phasing. For this mathematically interesting problem, with application in plant genomics, we design and test two algorithms under a parsimony model. The first is a linear time greedy algorithm and the second is a more carefully crafted algebraic algorithm. We show that both the methods work reasonably well (with accuracy on an average larger than 80%). The former is very time-efficient and the latter improves the accuracy further.

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Literatur
2.
Zurück zum Zitat Browning, S., Browning, B.: Haplotype phasing: existing methods and new developments. Nat. Rev. Genet. 12, 703 (2011)CrossRef Browning, S., Browning, B.: Haplotype phasing: existing methods and new developments. Nat. Rev. Genet. 12, 703 (2011)CrossRef
5.
Zurück zum Zitat He, D., Saha, S., Finkers, R., Parida, L.: Efficient algorithms for polyploid haplotype phasing. BMC Genom. 19(2), 110 (2018)CrossRef He, D., Saha, S., Finkers, R., Parida, L.: Efficient algorithms for polyploid haplotype phasing. BMC Genom. 19(2), 110 (2018)CrossRef
6.
Zurück zum Zitat Motazedi, E., Finkers, R., Maliepaard, C., de Ridder, D.: Exploiting next-generation sequencing to solve the haplotyping puzzle in polyploids: a simulation study. Brief. Bioinform. 19(3), 387–403 (2018) Motazedi, E., Finkers, R., Maliepaard, C., de Ridder, D.: Exploiting next-generation sequencing to solve the haplotyping puzzle in polyploids: a simulation study. Brief. Bioinform. 19(3), 387–403 (2018)
7.
Zurück zum Zitat Siragusa, E., Haiminen, N., Utro, F., Parida, L.: Linear time algorithms to construct populations fitting multiple constraint distributions at genomic scales. IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinform. 16, 1132–1142 (2018)CrossRef Siragusa, E., Haiminen, N., Utro, F., Parida, L.: Linear time algorithms to construct populations fitting multiple constraint distributions at genomic scales. IEEE/ACM Trans. Comput. Biol. Bioinform. 16, 1132–1142 (2018)CrossRef
9.
Zurück zum Zitat Utro, F., et al.: iXora: exact haplotype inferencing and trait association. BMC Genet. 14(1), 48 (2013)CrossRef Utro, F., et al.: iXora: exact haplotype inferencing and trait association. BMC Genet. 14(1), 48 (2013)CrossRef
Metadaten
Titel
Simultaneous Phasing of Multiple Polyploids
verfasst von
Laxmi Parida
Filippo Utro
Copyright-Jahr
2020
DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-030-34585-3_5