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2011 | OriginalPaper | Buchkapitel

Synthesizing Minimal Tile Sets for Patterned DNA Self-assembly

verfasst von : Mika Göös, Pekka Orponen

Erschienen in: DNA Computing and Molecular Programming

Verlag: Springer Berlin Heidelberg

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The Pattern self-Assembly Tile set Synthesis (PATS) problem is to determine a set of coloured tiles that self-assemble to implement a given rectangular colour pattern. We give an exhaustive branch-and-bound algorithm to find tile sets of minimum cardinality for the PATS problem. Our algorithm makes use of a search tree in the lattice of partitions of the ambient rectangular grid, and an efficient bounding function to prune this search tree. Empirical data on the performance of the algorithm shows that it compares favourably to previously presented heuristic solutions to the problem.

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Metadaten
Titel
Synthesizing Minimal Tile Sets for Patterned DNA Self-assembly
verfasst von
Mika Göös
Pekka Orponen
Copyright-Jahr
2011
Verlag
Springer Berlin Heidelberg
DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-642-18305-8_7