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2020 | OriginalPaper | Buchkapitel

The Lost Recipes from the Four Schools of Amathus

Invited Talk Extended Abstract

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Abstract

This paper tells the story of the Four Schools of Amathus and the lost recipes for a legendary dish that attracted many people to the ancient royal city. Deciphering the recipes from snippets of the ancient scrolls that have been found recently seems to be an impossible task. Fortunately, the problem bears a strong resemblance to the haplotype phasing problem, which has been studied in more recent times. We point out the similarities between these problems, how they can be formulated as optimization problems and survey different solution strategies.

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Literatur
1.
Zurück zum Zitat Bonizzoni, P., Dondi, R., Klau, G.W., Pirola, Y., Pisanti, N., Zaccaria, S.: On the minimum error correction problem for haplotype assembly in diploid and polyploid genomes. J. Comput. Biol. 23(9), 718–736 (2016)MathSciNetCrossRef Bonizzoni, P., Dondi, R., Klau, G.W., Pirola, Y., Pisanti, N., Zaccaria, S.: On the minimum error correction problem for haplotype assembly in diploid and polyploid genomes. J. Comput. Biol. 23(9), 718–736 (2016)MathSciNetCrossRef
4.
Zurück zum Zitat Lippert, R., Schwartz, R., Lancia, G., Istrail, S.: Algorithmic strategies for the single nucleotide polymorphism haplotype assembly problem. Briefings Bioinf. 3(1), 23–31 (2002)CrossRef Lippert, R., Schwartz, R., Lancia, G., Istrail, S.: Algorithmic strategies for the single nucleotide polymorphism haplotype assembly problem. Briefings Bioinf. 3(1), 23–31 (2002)CrossRef
6.
Zurück zum Zitat Motazedi, E., Finkers, R., Maliepaard, C., de Ridder, D.: Exploiting next generation sequencing to solve the haplotyping puzzle in polyploids: a simulation study. Briefings Bioinf. 19(3), 387–403 (2018) Motazedi, E., Finkers, R., Maliepaard, C., de Ridder, D.: Exploiting next generation sequencing to solve the haplotyping puzzle in polyploids: a simulation study. Briefings Bioinf. 19(3), 387–403 (2018)
7.
Zurück zum Zitat Patterson, M., et al.: WhatsHap: weighted haplotype assembly for future-generation sequencing reads. J. Comput. Biol. 22(6), 498–509 (2015)CrossRef Patterson, M., et al.: WhatsHap: weighted haplotype assembly for future-generation sequencing reads. J. Comput. Biol. 22(6), 498–509 (2015)CrossRef
8.
Zurück zum Zitat Pirola, Y., Zaccaria, S., Dondi, R., Klau, G.W., Pisanti, N., Bonizzoni, P.: HapCol: accurate and memory-efficient haplotype assembly from long reads. Bioinformatics 32(11), 1610–1617 (2015). (Oxford, England)CrossRef Pirola, Y., Zaccaria, S., Dondi, R., Klau, G.W., Pisanti, N., Bonizzoni, P.: HapCol: accurate and memory-efficient haplotype assembly from long reads. Bioinformatics 32(11), 1610–1617 (2015). (Oxford, England)CrossRef
9.
Zurück zum Zitat Schrinner, S.D., et al.: Haplotype threading: accurate polyploid phasing from long reads (2019, in preparation) Schrinner, S.D., et al.: Haplotype threading: accurate polyploid phasing from long reads (2019, in preparation)
Metadaten
Titel
The Lost Recipes from the Four Schools of Amathus
verfasst von
Gunnar W. Klau
Copyright-Jahr
2020
DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-030-38919-2_2