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01.09.2012 | Ausgabe 3/2012

Cluster Computing 3/2012

Two-level parallelization of Ehrenfest force calculations in ab initio molecular dynamics simulation

Zeitschrift:
Cluster Computing > Ausgabe 3/2012
Autoren:
Hongjian Li, Shixin Sun, Hong Tang, Yusheng Dou, Glenn V. Lo

Abstract

A two-level parallel code for Ehrenfest force calculations in ab initio molecular dynamics simulations was developed for a shared memory multiprocessor cluster. Coarse-grain parallelism was implemented by atomic decomposition and a fine-grained parallelism was exploited to perform matrix multiplications. This two-level parallelism efficiently enhances the speed of computations.

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