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Erschienen in:
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2009 | OriginalPaper | Buchkapitel

Free Energy Correction to Rigid Body Docking : Application to the Colicin E7 and Im7 Complex

verfasst von : Sangwook Wu, Vasu Chandrasekaran, Lee G. Pedersen

Erschienen in: Computational Science – ICCS 2009

Verlag: Springer Berlin Heidelberg

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We performed a 2-dimensional free energy calculation in the conformational space composed of two structures, best RMSD (Root Mean Square Distance) and the worst RMSD structures using ZDOCK on the Colicin E7 (protein) and Im7 (Inhibitor) complex. The lowest free energy minimum structure is compared to the X-ray crystal structure and the best RMSD docking structure. The free energy correction for the best RMSD structure shows an alternative in the prediction of a flexible loop position, which could not describe rigid body docking.

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Metadaten
Titel
Free Energy Correction to Rigid Body Docking : Application to the Colicin E7 and Im7 Complex
verfasst von
Sangwook Wu
Vasu Chandrasekaran
Lee G. Pedersen
Copyright-Jahr
2009
Verlag
Springer Berlin Heidelberg
Buch
Computational Science – ICCS 2009

Print ISBN: 978-3-642-01972-2

Electronic ISBN: 978-3-642-01973-9

Copyright-Jahr: 2009

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-642-01973-9_25