2014 | OriginalPaper | Buchkapitel
Faster Algorithms for Computing the R* Consensus Tree
verfasst von : Jesper Jansson, Wing-Kin Sung, Hoa Vu, Siu-Ming Yiu
Erschienen in: Algorithms and Computation
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The fastest known algorithms for computing the R* consensus tree of
$$k$$
rooted phylogenetic trees with
$$n$$
leaves each and identical leaf label sets run in
$$O(n^{2} \sqrt{\log n})$$
time when
$$k = 2$$
(ref. [
10
]) and
$$O(k n^{3})$$
time when
$$k \ge 3$$
(ref. [
4
]). This paper shows how to compute it in
$$O(n^{2})$$
time for
$$k = 2$$
,
$$O(n^{2} \log ^{4/3} n)$$
time for
$$k = 3$$
, and
$$O(n^{2} \log ^{k+2} n)$$
time for unbounded
$$k$$
.