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Erschienen in:
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2017 | OriginalPaper | Buchkapitel

Lightweight BWT and LCP Merging via the Gap Algorithm

verfasst von : Lavinia Egidi, Giovanni Manzini

Erschienen in: String Processing and Information Retrieval

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

Recently, Holt and McMillan [Bioinformatics 2014, ACM-BCB 2014] have proposed a simple and elegant algorithm to merge the Burrows-Wheeler transforms of a collection of strings. In this paper we show that their algorithm can be improved so that, in addition to the BWTs, it also merges the Longest Common Prefix (LCP) arrays. Because of its small memory footprint this new algorithm can be used for the final merge of BWT and LCP arrays computed by a faster but memory intensive construction algorithm.

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Literatur
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Metadaten
Titel
Lightweight BWT and LCP Merging via the Gap Algorithm
verfasst von
Lavinia Egidi
Giovanni Manzini
Copyright-Jahr
2017
Buch
String Processing and Information Retrieval

Print ISBN: 978-3-319-67427-8

Electronic ISBN: 978-3-319-67428-5

Copyright-Jahr: 2017

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-319-67428-5_15

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