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Erschienen in:
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2020 | OriginalPaper | Buchkapitel

MosaicFlye: Resolving Long Mosaic Repeats Using Long Reads

verfasst von : Anton Bankevich, Pavel Pevzner

Erschienen in: Research in Computational Molecular Biology

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

Although long-read sequencing technologies opened a new era in genome assembly, the problem of resolving unbridged repeats (i.e., repeats that are not spanned by any reads) such as long segmental duplications in the human genome remains largely unsolved, making it a major obstacle towards achieving the goal of complete genome assemblies.

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Literatur
Kolmogorov, M., Yuan, J., Lin, Y., Pevzner, P.A.: Assembly of long, error-prone reads using repeat graphs. Nat. Biotechnol. 37, 540 (2019)CrossRef
Koren, S., et al.: Canu: scalable and accurate long-read assembly via adaptive k-mer weighting and repeat separation. Genome Res. 27, 722–736 (2017)CrossRef
Pevzner, P.A., Tang, H., Tesler, G.: De novo repeat classification and fragment assembly. Genome Res. 14, 1786–1796 (2004)CrossRef
Pu, L., Lin, Y., Pevzner, P.A.: Detection and analysis of ancient segmental duplications in mammalian genomes. Genome Res. 28, 901–909 (2018)CrossRef
Vollger, M.R., et al.: Long-read sequence and assembly of segmental duplications. Nat. Methods 16, 88–94 (2019)CrossRef
Metadaten
Titel
MosaicFlye: Resolving Long Mosaic Repeats Using Long Reads
verfasst von
Anton Bankevich
Pavel Pevzner
Copyright-Jahr
2020
Buch
Research in Computational Molecular Biology

Print ISBN: 978-3-030-45256-8

Electronic ISBN: 978-3-030-45257-5

Copyright-Jahr: 2020

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-030-45257-5_16