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2018 | OriginalPaper | Buchkapitel

Parka: A Parallel Implementation of BLAST with MapReduce

verfasst von : Li Zhang, Bing Tang

Erschienen in: Advances in Intelligent Systems and Interactive Applications

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

Bioinformatics applications have become more data-intensive and compute-intensive, which requires an effective method to implement parallel computing and get a high-throughput. Although there exists some tools to realize parallelization of BLAST, but most of them depend on complex platforms or software. A parallel BLAST is implemented using Spark, which is called Parka. The parallel execution time and speedup of Parka are evaluated in a cluster environment. Then, it is compared with Hadoop-based parallelization method. Results show that it is a scalable and effective parallelization approach for sequence alignment.

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Literatur
1.
Altschul, S.F., Gish, W., Miller, W., Myers, E.W., Lipman, D.J.: Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol. 215(3), 403–410 (1990)CrossRef
2.
Darling, A.E., Carey, L., Feng, W.: The design, implementation, and evaluation of mpiBLAST. In: ClusterWorld Conference & Expo and the 4th International Conference on Linux Clusters: The HPC Revolution (2003)
3.
Bjornson, R.D., Sherman, A.H., Weston, S.B., Willard, N., Wing, J.: TurboBLAST: a parallel implementation of BLAST build on the TurboHub. In: Proceedings of the International Parallel and Distributed Processing Symposium (IPDPS’02) (2002)
4.
Vouzis, P.D., Sahinidis, N.V.: GPU-BLAST: using graphics processors to accelerate protein sequence alignment. Bioinformatics 27(2), 182–188 (2011)CrossRef
5.
Sun, Y., Zhao, S., Yu, H., Gao, G., Luo, J.: ABCGrid: application for bioinformatics computing grid. Bioinformatics 23(9), 1175–1177 (2007)CrossRef
6.
Yang, C.T., Han, T.F., Kan, H.C.: G-BLAST: a grid-based solution for mpiBLAST on computational Grids. Concurrency Comput. Pract. Exper. 21(2), 225–255 (2009)
7.
Mirto, M., Fiore, S., Epicoco, I., Cafaro, M., Mocavero, S., Blasi, E., Aloisio, G.: A bioinfomatics grid alignment toolkit. Future Gener. Comput. Syst. 24(7), 752–762 (2008)CrossRef
8.
He, H., Fedak, G., Tang, B., Cappello, F.: BLAST application with data-aware desktop grid middleware. In: Proceedings of the 9th IEEE International Symposium on Cluster Computing and the Grid (CCGrid’09), pp. 284–291 (2009)
9.
Fedak, G., He, H., Cappello, F.: BitDew: A data management and distribution service with multi-protocol file transfer and metadata abstraction. J. Netw. Comput. Appl. 32(5), 961–975 (2009)CrossRef
10.
Matsunaga, A., Tsugawa, M., Fortes, J.: CloudBLAST: combining MapReduce and virtualization on distributed resources for bioinformatics applications. In: Proceeding of the Fourth IEEE International Conference on e-Science, pp. 222–229 (2008)
11.
Schatz, M.C.: CloudBurst: highly sensitive read mapping with MapReduce. Bioinformatics 25(11), 1363–1369 (2009)CrossRef
12.
Zaharia, M., Chowdhury, M., Franklin, M.J., Shenker, S., Stoica, I.: Spark: cluster computing with working sets. In: HotCloud 2010, USENIX Association, pp. 1–7 (2010)
13.
Zaharia, M., Chowdhury, M., Das, T., Dave, A., Ma, J., McCauley, M., Franklin, M.J., Shenker, S., Stoica, I.: Resilient distributed datasets: a fault-tolerant abstraction for in-memory cluster computing. In: NSDI 2012, USENIX Association, pp. 15–28 (2012)
Metadaten
Titel
Parka: A Parallel Implementation of BLAST with MapReduce
verfasst von
Li Zhang
Bing Tang
Copyright-Jahr
2018
Buch
Advances in Intelligent Systems and Interactive Applications

Print ISBN: 978-3-319-69095-7

Electronic ISBN: 978-3-319-69096-4

Copyright-Jahr: 2018

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-319-69096-4_26