PCR-Fingerprint-Verfahren zur Analyse von Mikroorganismen-Populationen

Techniken für die Identifizierung von Mikroorganismen sind die Basis für autökologische Studien. Die traditionellen mikrobiologischen und biochemischen Verfahren beruhen auf der Charakterisierung einer Reihe mehr oder weniger leicht erkennbarer Eigenschaften von Reinkulturen, also auf der teilweisen Beschreibung des Phänotyps eines Mikroorganismus. Für die Identifizierung von Bakterien stehen bewährte Methoden zur Verfügung; standardisierte Medien und Reagenzien sowie Teststreifen sind kommerziell erhältlich. Darüber hinaus sind Automaten verfügbar (z.B. BIOLOG oder Vitek), mit denen zahlreiche biochemische Eigenschaften von Mikroorganismen gleichzeitig getestet werden können. Derartige Systeme sind jedoch bevorzugt auf medizinische Anwendungsbereiche zugeschnitten und können bei Anwendung mit Mikroorganismen aus der Umwelt schwer zu interpretierende oder irreführende Resultate liefern [1–3]. Sie beruhen auf Datenbanken, in denen die Eigenschaften einer begrenzten Zahl von Referenzstämmen enthalten sind. Nur diese lassen sich zur Zeit mit den Identifizierungsautomaten relativ sicher nachweisen. Die Erweiterungen der entsprechenden Datenbanken können u.U. sehr aufwendig sein.