Skip to main content
Fachgebiete
Automobil + Motoren Bauwesen + Immobilien Business IT + Informatik Elektrotechnik + Elektronik Energie + Nachhaltigkeit Finance + Banking Management + Führung Marketing + Vertrieb Maschinenbau + Werkstoffe Versicherung + Risiko
DE
EN
Bücher
Zeitschriften
Themenseiten
Organisationspsychologie Projektmanagement Marketing Smart Manufacturing
Weitere Formate
Podcasts Webinare Technik Webinare Wirtschaft Kongresse Veranstaltungskalender Awards
Jetzt Einzelzugang starten
Zugang für Unternehmen
Referenzkunden
SLX-Digitalkonferenz: Zukunftswerkstatt 2024

Mehr Umsatz mit Top-Kontakten

Am 7. Mai erfahren Sie, wie Vertriebsteams Leadgenerierung, Leadnurturing und Leadstrategien effizient steuern können.
Erweiterte Suche
Anmelden
nach oben
Erschienen in:
Ca2+ Reactivity in the Gas Phase. Bonding, Catalytic Effects and Coulomb Explosions Kapitel lesen Erstes Kapitel lesen

2010 | OriginalPaper | Buchkapitel

5. Reactive Processes with Molecular Simulations

verfasst von : Sabyashachi Mishra, Markus Meuwly

Erschienen in: Kinetics and Dynamics

Verlag: Springer Netherlands

Einloggen

Aktivieren Sie unsere intelligente Suche, um passende Fachinhalte oder Patente zu finden.

search-config
loading …

Abstract

Describing chemical reactions is one of the most challenging aspects of current computational approaches to chemistry. In this chapter established (EVB, ReaxFF) and novel (MMPT, ARMD) approaches are discussed that allow to study bond forming and bond breaking processes in a variety of chemical and biological environments. Particular emphasis is put on methods that enable investigating the dynamics of chemical reactions. For MMPT and ARMD methods, a number of model studies are discussed in more detail. They include the kinetics of NO rebinding to Myoglobin and the conformational transition in Neuroglobin which explores the full functionality of ARMD. The chapter closes with an outlook of possible generalizations of the methods discussed.

Sie haben noch keine Lizenz? Dann Informieren Sie sich jetzt über unsere Produkte:

Springer Professional "Wirtschaft+Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft+Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 102.000 Bücher
  • über 537 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Nachhaltigkeit
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Maschinenbau + Werkstoffe
  • Versicherung + Risiko

Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Jetzt informieren

Springer Professional "Technik"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Technik" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 67.000 Bücher
  • über 390 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Automobil + Motoren
  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Elektrotechnik + Elektronik
  • Energie + Nachhaltigkeit
  • Maschinenbau + Werkstoffe




 

Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Jetzt informieren

Springer Professional "Wirtschaft"

Online-Abonnement

Mit Springer Professional "Wirtschaft" erhalten Sie Zugriff auf:

  • über 67.000 Bücher
  • über 340 Zeitschriften

aus folgenden Fachgebieten:

  • Bauwesen + Immobilien
  • Business IT + Informatik
  • Finance + Banking
  • Management + Führung
  • Marketing + Vertrieb
  • Versicherung + Risiko




Jetzt Wissensvorsprung sichern!

Jetzt informieren
Vorheriges Kapitel Design of Catalysts for Asymmetric Organic Reactions Through Density Functional Calculations
Nächstes Kapitel Theoretical Studies of Polymerisation Reactions
Literatur
1.
London F (1929) Z Elektrochem 35:552–555
2.
Eyring H, Polanyi M (1931) Z Phys Chem Abt B 12:279–311
3.
4.
5.
Ellison FO (1963) J Am Chem Soc 85:3540–3544
6.
Pauling L (1960) The nature of the chemical bond. Cornell University Press, Ithaca, NY
7.
8.
9.
van Duin ACT, Dasgupta S, Lorant F, Goddard WA III (2001) J Phys Chem A 105:9396–9409CrossRef
10.
11.
12.
Hwang MJ, Stockfisch TP, Hagler AT (1994) J Am Chem Soc 116:2515–2525CrossRef
13.
Maple JR, Hwang MJ, Stockfisch TP, Dinur U, Waldman M, Ewig CS, Hagler AT (1994) J Comput Chem 15:162–182CrossRef
14.
Brooks B, Bruccoleri R, Olafson B, States D, Swaminathan S, Karplus M (1983) J Comput Chem 4:18–217CrossRef
15.
Weiner SJ, Kollman PA, Case DA, Singh U, Ghio C, Alagona G, Profeta S Jr, Weiner P (1984) J Am Chem Soc 106:765–784CrossRef
16.
17.
Hermans J, Berendsen HJC, van Gunsteren WF, Postma JPM (1984) Biopolymers 23:1CrossRef
18.
Deeth R, Anastasi A, Diedrich C, Randell K (2009) Coord Chem Rev 253:795–816CrossRef
19.
20.
21.
22.
Claeyssens F, Ranaghan KE, Manby FR, Harvey JN, Mulholland AJ (2005) Chem Commun 40:5068–5070CrossRef
23.
Zhou HY, Tajkhorshid E, Frauenheim T, Suhai S, Elstner M (2002) Chem Phys 277:91–103CrossRef
24.
Konig PH, Ghosh N, Hoffmann M, Elstner M, Tajkhorshid E, Frauenheim T, Cui Q (2006) J Phys Chem A 110:548–563CrossRef
25.
Altun A, Guallar V, Friesner RA, Shaik S, Thiel W (2006) J Am Chem Soc 128:3924–3925CrossRef
26.
Mei HS, Tuckerman ME, Sagnella DE, Klein ML (1998) J Phys Chem B 102:10446–10458CrossRef
27.
28.
29.
Meuwly M, Müller A, Leutwyler S (2003) Phys Chem Chem Phys 5:2663–2672
30.
31.
32.
Xu D, Wei Y, Wu J, Dunaway-Mariano D, Guo H, Cui Q, Gao J (2004) J Am Chem Soc 126:13649–13658CrossRef
33.
34.
Li H, Elber R, Straub JE (1993) J Biol Chem 268:17908–17916
35.
36.
Meuwly M, Becker OM, Stone R, Karplus M (2002) Biophys Chem 98:183–207CrossRef
37.
38.
39.
Grochowski P, Lesyng B, Bala P, McCammon JA (1996) Int J Quant Chem 60:1143–1164CrossRef
40.
Kim Y, Corchado JC, Villa J, Xing J, Truhlar DG (2000) J Chem Phys 112:2718–2735CrossRef
41.
42.
Lammers S (2006) Simulations of proton transfer processes using reactive force fields. Ph.D. thesis, University of Basel
43.
44.
45.
46.
47.
Coulson CA, Danielsson U (1954) Ark Fys 8:239–244
48.
49.
Valero R, Song L, Gao J, Truhlar DG (2009) J Chem Theory Comput 5:1–22CrossRef
50.
Valero R, Song L, Gao J, Truhlar DG (2009) J Chem Theory Comput 5:2191–2191CrossRef
51.
Kamerlin SCL, Cao J, Rosta E, Warshel A (2009) J Phys Chem B 113:10905–10915CrossRef
52.
53.
54.
55.
56.
Strachan A, van Duin ACT, Chakraborty D, Dasgupta S, Goddard WA III (2003) Phys Rev Lett 91:098301–1CrossRef
57.
Ludwig J, Vlachos DG, van Duin ACT, Goddard WA III (2006) J Phys Chem B 110:4274–4282CrossRef
58.
59.
Bala P, Grochowski P, Nowinski K, Lesyng B, McCammon JA (2000) Biophys J 79:1253–1262CrossRef
60.
61.
Asmis KR, Pivonka NL, Santambrogio G, Bruemmer M, Kaposta C, Neumark DM, Woeste L (2003) Science 299:1375–1377CrossRef
62.
Fridgen TD, McMahon GB, MacAleese L, Lemaire J, Maitre P (2004) J Phys Chem A 108:9008–9010CrossRef
63.
Moore DR, Oomens J, van der Meer L, von Helden G, Meijer G, Valle J, Marshall AG, Eyler JR (2004) ChemPhysChem 5:740–743CrossRef
64.
Hammer NI, Diken EG, Roscioli JR, Johnson MA, Myshakin EM, Jordan KD, McCoy AB, Huang X, Bowman JM, Carter S (2005) J Chem Phys 122:244301CrossRef
65.
Dai J, Bacic Z, Huang X, Carter S, Bowman JM (2003) J Chem Phys 119:6571–6580CrossRef
66.
Kaledin M, Kaledin AL, Bowman JM (2006) J Phys Chem A 110:2933–2939CrossRef
67.
68.
69.
70.
71.
72.
Li GS, Costa MTCM, Millot C, Ruiz-Lopez MF (1999) Chem Phys 240:93–99CrossRef
73.
74.
Austin RH, Beeson KW, Eisenstein L, Frauenfelder H, Gunsalus IC (1975) Biochemistry 14:5355–5373CrossRef
75.
76.
Petrich JW, Lambry JC, Kuczera K, Karplus M, Poyart C, Martin JL (1991) Biochemistry 30:3975–3987CrossRef
77.
Ouellet H, Ouellet Y, Richard C, Labarre M, Wittenberg B, Wittenberg J, Guertin M (2002) Proc Nat Acad Sci USA 99:5902–5907CrossRef
78.
Milani M, Pesce A, Ouellet Y, Dewilde S, Friedman J, Ascenzi P, Guertin M, Bolognesi M (2004) J Biol Chem 279:21520–21525CrossRef
79.
Bourassa JL, Ives EL, Marqueling AL, Shimanovich R, Groves JT (2001) J Am Chem Soc 123:5142–5143CrossRef
80.
Mishra S, Meuwly M (2010) Peroxide bond cleavage versus rearrangement reaction in nitric oxide detoxification: a reactive molecular dynamics study of truncated hemoglobin J Am Chem Soc 132:2968
81.
Blomberg LM, Blomberg MRA, Siegbahn PEM (2004) J Biol Inorg Chem 9:923–935CrossRef
82.
83.
84.
85.
86.
87.
88.
89.
Du W, Syvitski R, Dewilde S, Moens L, La Mar G (2003) J Am Chem Soc 125:8080
90.
91.
92.
93.
Plattner N, Bandi T, Doll J, Freeman DL, Meuwly M (2008) Mol Phys 106:1675CrossRef
94.
95.
96.
97.
98.
Metadaten
Titel
Reactive Processes with Molecular Simulations
verfasst von
Sabyashachi Mishra
Markus Meuwly
Copyright-Jahr
2010
Verlag
Springer Netherlands
Buch
Kinetics and Dynamics

Print ISBN: 978-90-481-3033-7

Electronic ISBN: 978-90-481-3034-4

Copyright-Jahr: 2010

DOI
https://doi.org/10.1007/978-90-481-3034-4_5