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2020 | OriginalPaper | Buchkapitel

Scanning Phylogenetic Networks Is NP-hard

verfasst von : Vincent Berry, Celine Scornavacca, Mathias Weller

Erschienen in: SOFSEM 2020: Theory and Practice of Computer Science

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

Phylogenetic networks are rooted directed acyclic graphs used to depict the evolution of a set of species in the presence of reticulate events. Reconstructing these networks from molecular data is challenging and current algorithms fail to scale up to genome-wide data. In this paper, we introduce a new width measure intended to help design faster parameterized algorithms for this task. We study its relation with other width measures and problems in graph theory and finally prove that deciding it is NP-complete, even for very restricted classes of networks.

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Metadaten
Titel
Scanning Phylogenetic Networks Is NP-hard
verfasst von
Vincent Berry
Celine Scornavacca
Mathias Weller
Copyright-Jahr
2020
Buch
SOFSEM 2020: Theory and Practice of Computer Science

Print ISBN: 978-3-030-38918-5

Electronic ISBN: 978-3-030-38919-2

Copyright-Jahr: 2020

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-030-38919-2_42