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Erschienen in:
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2017 | OriginalPaper | Buchkapitel

1.  Sequenzanalyse: Die Sprache des Lebens entziffern

verfasst von : Thomas Dandekar, Meik Kunz

Erschienen in: Bioinformatik

Verlag: Springer Berlin Heidelberg

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Zusammenfassung

Sequenzanalyse ist das zentrale Werkzeug der Bioinformatik mit einschlägigen Datenbanken (NCBI, GenBank, SwissProt) und Software zum Erkennen der Sequenzähnlichkeit (BLAST-Werkzeug) sowie Domänendatenbanken (sich unabhägig faltende Funktionseinheiten im Protein). Entscheidend ist die Fähigkeit solche Software im Web zu kennen und zu nutzen, die Tutorials und Übungsaufgaben regen dazu an. Programmieren von Sequenzvergleichssoftware und Datenbanken ist erst sinnvoll, wenn dadurch eine bessere Analyse der biologischen Fragestellung möglich ist – in allen anderen Fällen nutzen Sie besser die zahlreiche Software, die es schon gibt, das Internet ist nur einen Mausklick weit entfernt.

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Literatur
Altschul SF, Gish W, Miller W et al (1990) Basic local alignment search tool. J Mol Biol 215(3):403–410
Antiretroviral Therapy Cohort Collaboration (2008) Life expectancy of individuals on combination antiretroviral therapy in high-income countries: a collaborative analysis of 14 cohort studies. Lancet 372(9635):293–299. doi:10.​1016/​S0140-6736(08)61113-7
Hoog R, Lima V, Sterne JA et al (2008) Life expectancy of individuals on combination antiretroviral therapy in high-income countries: a collaborative analysis of 14 cohort studies. Lancet 372(9635):293–299. doi:10.​1016/​S0140-6736(08)61113-7
Altschul SF, Madden TL, Schäffer AA et al (1997) Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res 25(17):3389–3402 (Review. PubMed PMID: 9254694 * Das klassische Paper von 1990 über den bekanntesten Sequenzvergleichsalgorithmus, das Basic Alignment Sequence Research Tool [BLAST]. Erstaunlicherweise wurden erst ab 1997 Lücken berücksichtigt [“gapped BLAST”], und es wurde möglich, die Suche mit mehreren Sequenzen zu wiederholen, wenn die Funktion noch nicht klar war [“position specific iterative” BLAST oder psi-BLAST].)
Bienert S, Waterhouse A, Beer TA de et al (2017) The SWISS-MODEL Repository-new features and functionality. Nucleic Acids Res 45(D1): D313–D319. doi:10.​1093/​nar/​gkw1132 (PubMed PMID: 27899672; PubMed Central PMCID: PMC5210589 * Dies ist die neueste Version des Homologie-Programmes Swiss-Model, ein sehr komfortables Programm, welches aus der Sequenz eines Proteins seine dreidimensionale Struktur vorhersagt, einfach per E-Mail die Sequenz an den Server schicken.)
Gaudermann P, Vogl I, Zientz E et al (2006) Analysis of and function predictions for previously conserved hypothetical or putative proteins in Blochmannia floridanus. BMC Microbiol 2006(6):1 (* Dieses Paper bietet eine gute Einführung, wie man doch noch die Funktion eines Proteins mit Sequenz- und Strukturanalysen ermitteln kann, selbst wenn BLAST zunächst keinen Hinweis auf eine Funktion findet.)
NCBI Resource Coordinators (2017) Database resources of the National Center for Biotechnology Information. Nucleic Acids Res 45(D1):D12–D17. doi:10.​1093/​nar/​gkw1071 (PubMed PMID: 27899561; PubMed Central PMCID: PMC5210554 * Hier werden die Bioinformatik-Möglichkeiten am NCBI, der weltweit wichtigsten Bioinformatik-Einstiegsseite, erklärt.)
SIB Swiss Institute of Bioinformatics Members (2016) The SIB Swiss Institute of Bioinformatics’ resources: focus on curated databases. Nucleic Acids Res 44(D1):D27–D37. doi:10.​1093/​nar/​gkv1310 (* Hier werden die Bioinformatik-Möglichkeiten am Schweizer Bioinformatik-Institut erklärt.)
Srivastava M, Malviya N, Dandekar T (2015) Application of biotechnology and bioinformatics tools in plant-fungus interactions. In: Bahadur B, Rajam MV, Sahijram L, Krishnamurthy KV (Hrsg) Plant Biol Biotechnol. Springer India, S 49–64 (* Hier erklären wir, wie man bioinformatisch Protein-Interaktionen untersucht.)
Metadaten
Titel
SequenzanalyseSequenzanalyse : Die Sprache des Lebens entziffern
verfasst von
Thomas Dandekar
Meik Kunz
Copyright-Jahr
2017
Verlag
Springer Berlin Heidelberg
Buch
Bioinformatik

Print ISBN: 978-3-662-54697-0

Electronic ISBN: 978-3-662-54698-7

Copyright-Jahr: 2017

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-662-54698-7_1

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    Bildnachweise