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Erschienen in:
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2022 | OriginalPaper | Buchkapitel

SOPHIE: Viral Outbreak Investigation and Transmission History Reconstruction in a Joint Phylogenetic and Network Theory Framework

verfasst von : Pavel Skums, Fatemeh Mohebbi, Vyacheslav Tsyvina, Pelin Icer, Sumathi Ramachandran, Yury Khudyakov

Erschienen in: Research in Computational Molecular Biology

Verlag: Springer International Publishing

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Abstract

Reconstruction of transmission networks from viral genomes sampled from infected individuals is a major computational problem of genomic epidemiology. For this problem, we propose a maximum likelihood framework SOPHIE (SOcial and PHilogenetic Investigation of Epidemics) based on the integration of phylogenetic and random graph models. SOPHIE is scalable, accounts for intra-host diversity and accurately infers transmissions without case-specific epidemiological data.

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Literatur
1.
Armstrong, G.L., et al.: Pathogen genomics in public health. N. Engl. J. Med. 381(26), 2569–2580 (2019)CrossRef
2.
Skums, P., et al.: Quentin: reconstruction of disease transmissions from viral quasispecies genomic data. Bioinformatics 34(1), 163–170 (2017)CrossRef
3.
Wymant, C., et al.: Phyloscanner: inferring transmission from within-and between-host pathogen genetic diversity. Mol. Biol. Evol. 35(3), 719–733 (2017)
Metadaten
Titel
SOPHIE: Viral Outbreak Investigation and Transmission History Reconstruction in a Joint Phylogenetic and Network Theory Framework
verfasst von
Pavel Skums
Fatemeh Mohebbi
Vyacheslav Tsyvina
Pelin Icer
Sumathi Ramachandran
Yury Khudyakov
Copyright-Jahr
2022
Buch
Research in Computational Molecular Biology

Print ISBN: 978-3-031-04748-0

Electronic ISBN: 978-3-031-04749-7

Copyright-Jahr: 2022

DOI
https://doi.org/10.1007/978-3-031-04749-7_31

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